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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001557`

染色体: Chr01 坐标: 29593194-29595995 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001557`
名称	SmilChr01G001557
描述	WD-40 repeat-containing protein MSI1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	29593194 - 29595995 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018845`
GeneID	`131018845`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018845`
原始查询	`LOC131018845`

查看完整 ID 对照表

文献序列与新 ID 证据

这些记录来自论文中明确给出的 accession，并通过序列比对映射到当前参考版本。网站定位属于计算预测；论文中的实验定位和互作单独列出。

论文基因名	Accession	当前 ID	比对	置信度	来源
`SmWD40-2` P031; 2023	`OP009356`	`LOC131018845` `SmilChr01G001557` GeneID 131018845	nucleotide; identity 100.0%; coverage 100.0%	Exact or near-exact sequence match	NCBI

打开完整文献证据

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WD-40 repeat-containing protein MSI1-like
产物	WD-40 repeat-containing protein MSI1-like
Arabidopsis	`AT5G58230` (MSI1) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835935] identity=87; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0640100` (OsWD40-79) - identity=83.9; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0010468 (regulation of gene expression); GO:0042393 (histone binding)
KEGG	smil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40); PF12265 (CAF1C_H4-bd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018845

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803530.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057803530.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057803530.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057803530.1`
5	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803530.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:29593517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B24,B89
`Chr1:29595814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B15,B22,C19,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803530.1

424 aa

212

424

CAF1C_H4-bd

WD40

PF12265 CAF1C_H4-bd 19-88 aa PF00400 WD40 174-207 aa PF00400 WD40 220-256 aa PF00400 WD40 264-302 aa PF00400 WD40 309-346 aa PF00400 WD40 367-402 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803530.1`	Pfam	`PF12265`	CAF1C_H4-bd	Repeat	19	88	7.9e-31	106.9	Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex
`XP_057803530.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	174	207	5.9e-32	109.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057803530.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	220	256	5.9e-32	109.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057803530.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	264	302	5.9e-32	109.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057803530.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	309	346	5.9e-32	109.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057803530.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	367	402	5.9e-32	109.4	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947547.1
TCTATATTAACCAAAAAAGAGTGGAGAAATCCCATTCCCTCCAATTCTCCTCCAAACCCTTCACCCGGGTAACGTTCAAACCATAATTCCTCCAAAAAAAGTGCTAAAGAGCACTGAGTGGAAGTCCAGGATCACAAATCCCGCGCAATCCGCGAAGAAATGGAAAAAGACGACGACGAGATGAGGGGGGAGATTGAGGAGCGGCTGGTAAATGAGGAGTACAAGATTTGGAAGAAGAACACGCCGTTCCTCTACGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018845
ATGGAAAAAGACGACGACGAGATGAGGGGGGAGATTGAGGAGCGGCTGGTAAATGAGGAGTACAAGATTTGGAAGAAGAACACGCCGTTCCTCTACGATTTGGTCGTCACTCACGCGCTCGAGTGGCCGTCGCTGACCGTGGAGTGGCTGCCCGACCGGGAGGAGCCGCCGGGCAAGGATTACTCTGCCCAGAAGATGATTCTCGGTACCCACACTTCCGAGAACGAGCCCAATTACCTCATGCTCGCCAGGATTCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803530.1
MEKDDDEMRGEIEERLVNEEYKIWKKNTPFLYDLVVTHALEWPSLTVEWLPDREEPPGKDYSAQKMILGTHTSENEPNYLMLARIQLPLEDTENDSRHYDDERSEFGGFGCTNGKVQIIQQINHDGEVNRARYMPQNPFIIATKTVSAEVYVFDYSKHPSKPPLDGACNPDLRLRGHSTEGYGLSWSQFKDGHLLSGSDDAQICLWDINATPKNNALDAMQTFKIHEGVVEDVAWHLRHEYLFGSVGDDQHLHIWDLRSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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