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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002780

染色体: Chr03 坐标: 44233892-44235338 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002780
名称SmilChr03G002780
描述uncharacterized SmilChr03G002780
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向44233892 - 44235338 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018855
GeneID131018855
locus_tag-
NCBI NameLOC131018855
原始查询LOC131018855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF03004 (Transposase_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803537.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803537.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803537.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803537.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803537.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:44234421 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C41
Chr3:44234421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr3:44234545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr3:44234570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,B83
Chr3:44234585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B22,B48
Chr3:44234595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr3:44234616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C19
Chr3:44234618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr3:44234648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C45
Chr3:44234654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B69,B83,C38
Chr3:44234666 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D6
Chr3:44234666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803537.1
369 aa
N
1
184
369
Transposase_24
C
PF03004 Transposase_24 166-292 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803537.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 166 292 3.7e-11 44.1 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947554.1
ATGTTGAACGCAGCCGATAGTCCTCTATACCCAGACTGTGATACTTACTCACAGTTATCCTGGATGACACATATGATGAGCATAAAGGTTGAAAATCACATGTCAGAGAGATGTTTTAATCAGATATCTGAGATGGTTCAAAAGGCTTTACCGAAGGATAACAACTGCCCTGACAGCTTTTACAGTACGAAGAGAAATCTGCGCGGTAAGTTGATCGAGCCCCCGGGGATCTCCACCTGCTGCACGAACTCGTTTAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018855
ATGTTGAACGCAGCCGATAGTCCTCTATACCCAGACTGTGATACTTACTCACAGTTATCCTGGATGACACATATGATGAGCATAAAGGTTGAAAATCACATGTCAGAGAGATGTTTTAATCAGATATCTGAGATGGTTCAAAAGGCTTTACCGAAGGATAACAACTGCCCTGACAGCTTTTACAGTACGAAGAGAAATCTGCGCGGTAAGTTGATCGAGCCCCCGGGGATCTCCACCTGCTGCACGAACTCGTTTAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803537.1
MLNAADSPLYPDCDTYSQLSWMTHMMSIKVENHMSERCFNQISEMVQKALPKDNNCPDSFYSTKRNLRGKLIEPPGISTCCTNSFKRIPNPGGYTWKLTPPTVQELYFEEFKKEFTWNPDDEADVKNMWLEKARKRYSDNMSEYKRQLKQKTEAGEIMETPLGMSDTFWTGLKAYWDQDEVKAVSRRARENRYSEPDGVGTGISRHVGGSQSSRILQQSLLVDGEVPPTASNYNTFLRPHMYADGTFVSEKDANLDAEIH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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