当前解析结果
SmilChr03G002780| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002780 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002780 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002780 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 44233892 - 44235338 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018855 |
|---|---|
| GeneID | 131018855 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018855 |
| 原始查询 | LOC131018855 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03004 (Transposase_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018855 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803537.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803537.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803537.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803537.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057803537.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:44234421 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C41 |
Chr3:44234421 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr3:44234545 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr3:44234570 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,B83 |
Chr3:44234585 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,B22,B48 |
Chr3:44234595 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr3:44234616 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C19 |
Chr3:44234618 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr3:44234648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,C45 |
Chr3:44234654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,B69,B83,C38 |
Chr3:44234666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D6 |
Chr3:44234666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803537.1PF03004
Transposase_24 166-292 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803537.1 |
Pfam | PF03004 |
Transposase_24 | Family | 166 | 292 | 3.7e-11 | 44.1 | Plant transposase (Ptta/En/Spm family) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。