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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002829

染色体: Chr03 坐标: 44763431-44764048 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002829
名称SmilChr03G002829
描述14-3-3-like protein A
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向44763431 - 44764048 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018860
GeneID131018860
locus_tag-
NCBI NameLOC131018860
原始查询LOC131018860

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述14-3-3-like protein A
产物14-3-3-like protein A
ArabidopsisAT1G78300 (GRF2)
ral regulatory factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844165]
identity=73.1; qcov=0.788; evalue=2.18e-74; confidence=high
RiceOs03g0710800 (GF14F)
-
identity=72.2; qcov=0.778; evalue=1.07e-70; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0007165 (signal transduction)
KEGGsmil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00244 (14-3-3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018860

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057803541.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803541.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057803541.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803541.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803541.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:44763439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,C22,C39
Chr3:44763447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B64,B66,C15,C54
Chr3:44763459 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 24 A3,B1,B117,B14,B140,B22,B25,B44,B50,B89,C16,C29,C4,C43,C44,C47,C5,C58,C6,C62,C65,C71,C82,D6
Chr3:44763478 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 10 B105,B113,B30,B90,B92,C19,C20,C3,C7,C9
Chr3:44763515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C71
Chr3:44763547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr3:44763568 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 38 A16,A2,A4,A8,B114,B115,B118,B119,B121,B123,B128,B129,B137,B15,B26,B28,B34,B36,B40,B45,B57,B58,B69,B74,B79,B88,B94,C2,C20,C25,C32,C63,C73,C81,C84,C9,D11,D7
Chr3:44763599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:44763607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B35,B55,C23
Chr3:44763623 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B11,B61,B98,C14,C39,C56
Chr3:44763634 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 16 A16,A2,B121,B123,B137,B15,B25,B43,B69,B79,B94,C2,C25,C63,C73,C9
Chr3:44763637 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 16 A16,A2,B121,B123,B137,B15,B25,B43,B69,B79,B94,C2,C25,C63,C73,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803541.1
203 aa
N
1
102
203
14-3-3
C
PF00244 14-3-3 11-159 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803541.1 Pfam PF00244 14-3-3 Repeat 11 159 6.3e-51 173.8 14-3-3 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947558.1
CTAAAAATGGCGTCCCCGCGTGAGGAGAGCGTGTACATGGCCAAGCTGGCGGAGCAGGCCGAGCGCTATGACGAGATAGTCGAGTTCATGGAGAAGGTCGTCAGCGTCAACAGCGACGAACTCTTCATGGAGGAGCGCAACCTTCTCTTCGTCGTCTACAAGAACGTCATCAGCGCCGCCCGCCAAGCCTCCTGGCGTATCATCTCCTCTATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCTATGGCAACGAGAGACATGTCTCCTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018860
ATGGCGTCCCCGCGTGAGGAGAGCGTGTACATGGCCAAGCTGGCGGAGCAGGCCGAGCGCTATGACGAGATAGTCGAGTTCATGGAGAAGGTCGTCAGCGTCAACAGCGACGAACTCTTCATGGAGGAGCGCAACCTTCTCTTCGTCGTCTACAAGAACGTCATCAGCGCCGCCCGCCAAGCCTCCTGGCGTATCATCTCCTCTATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCTATGGCAACGAGAGACATGTCTCCTCCATCAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803541.1
MASPREESVYMAKLAEQAERYDEIVEFMEKVVSVNSDELFMEERNLLFVVYKNVISAARQASWRIISSIEQKEESYGNERHVSSIKSYRYKIESELSSIYDDILKLLDTKLIGSASNEDSKVFYLKMKGDCHRYLTEFKIGTERKEAAKNTLFAYKSAQVGDHHPPNQIASVRHGGVRQKPIYSQMEQQNSKATSPTKTSIVN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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