Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002846`

染色体: Chr03 坐标: 45016058-45021155 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002846`
名称	SmilChr03G002846
描述	uncharacterized SmilChr03G002846
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	45016058 - 45021155 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018863`
GeneID	`131018863`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018863`
原始查询	`LOC131018863`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=24.4; qcov=0.929; evalue=4.91e-34; confidence=weak
Rice	`Os06g0704400` - identity=32.4; qcov=0.829; evalue=3.41e-61; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803543.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803543.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803543.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803543.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803543.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:45016070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,B94
`Chr3:45016071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B109,B112,B113,C50
`Chr3:45016076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,B94
`Chr3:45016082`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	B134,B137,B41,C15,C26,C34,C50,C58,D5,D6,D9
`Chr3:45016301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	86	A11,A16,A21,A22,A4,A5,A6,A7,B105,B110,B111,B113,B118,B120,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B130,B133,B135,B136,B140,B17,B18,B23,B25,B26,B28,B30,B31,B33,B37,B4,B40,B45,B58,B6,B60,B62,B65,B69,B70,B73,B80,B88,B9,B90,B92,B98,C1,C10,C13,C14,C20,C24,C28,C29,C30,C31,C32,C38,C40,C47,C52,C53,C54,C55,C60,C67,C68,C7,C70,C73,C78,C8,C80,C82,C84,C9,D11,D2,D4,D8
`Chr3:45016302`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	89	A13,A14,A15,A19,A25,A3,A4,A5,A8,B1,B10,B100,B102,B11,B119,B12,B121,B124,B125,B127,B129,B13,B138,B14,B15,B16,B17,B19,B21,B26,B29,B32,B35,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B49,B5,B55,B59,B63,B64,B68,B7,B71,B75,B79,B8,B81,B83,B87,B89,B93,B97,B99,C10,C11,C12,C15,C16,C20,C21,C22,C23,C24,C26,C27,C28,C3,C37,C39,C45,C46,C48,C52,C54,C63,C64,C66,C69,C70,C73,C74,C77,C83,C86
`Chr3:45016306`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	22	A14,A3,B10,B11,B110,B115,B117,B32,B50,B51,B73,B91,C16,C19,C25,C3,C33,C42,C48,C5,D11,D6
`Chr3:45016311`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	89	A13,A14,A15,A19,A25,A3,A4,A5,A8,B1,B10,B100,B102,B11,B119,B12,B121,B124,B125,B127,B129,B13,B138,B14,B15,B16,B17,B19,B21,B26,B29,B32,B35,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B49,B5,B55,B59,B63,B64,B68,B7,B71,B75,B79,B8,B81,B83,B87,B89,B93,B97,B99,C10,C11,C12,C15,C16,C20,C21,C22,C23,C24,C26,C27,C28,C3,C37,C39,C45,C46,C48,C52,C54,C63,C64,C66,C69,C70,C73,C74,C77,C83,C86
`Chr3:45016399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr3:45016424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr3:45016501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,B94,C5
`Chr3:45016571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B36,B76,B94,C5,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803543.1

578 aa

289

578

DBD_Tnp_Mut

MULE

Transposase_mut

PF03108 DBD_Tnp_Mut 217-276 aa PF10551 MULE 393-488 aa PF00872 Transposase_mut 427-492 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803543.1`	Pfam	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	Family	217	276	9.3e-08	32.3	MuDR family transposase
`XP_057803543.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	393	488	3.4e-17	63.3	MULE transposase domain
`XP_057803543.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	427	492	0.00011	21.9	Transposase, Mutator family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947560.1
ATGTGCACAATCCCTTCTGGTGTGACCGTGTCGATCAAATCGCGATTAAGCATGATGAATTTTGTTTTTAATTTCTGGGGTGTATGGAAGCAAGACTACGATTCTGGAAAATTGATATATGATAGCTATAATTCGAGCGAAATTAAAGAAAGCTATGATAAGATGACTTATGAGCGCATATATGATGAATTTGTTAATTGTTATGGTAGTAAACCTTTGAAAGTCTATGCTTTAGATGACGATTATACTCTTGATAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018863
ATGTGCACAATCCCTTCTGGTGTGACCGTGTCGATCAAATCGCGATTAAGCATGATGAATTTTGTTTTTAATTTCTGGGGTGTATGGAAGCAAGACTACGATTCTGGAAAATTGATATATGATAGCTATAATTCGAGCGAAATTAAAGAAAGCTATGATAAGATGACTTATGAGCGCATATATGATGAATTTGTTAATTGTTATGGTAGTAAACCTTTGAAAGTCTATGCTTTAGATGACGATTATACTCTTGATAAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803543.1
MCTIPSGVTVSIKSRLSMMNFVFNFWGVWKQDYDSGKLIYDSYNSSEIKESYDKMTYERIYDEFVNCYGSKPLKVYALDDDYTLDKGLVLLRDSQHYKKVIDYFELVGQEDVYLFADHERDLMPPITHLPLLDEENGSDDLEEVHDLKIANDGGVNDQAETDEKVETVDIGLKELQVDEGMEKFEHDDNVIGVNEVGSEEEGDDLGFVEVGEHGNFELGMTFVGANDCRDAINTYAVKFGYKLKFVNNEPKRIRVICVSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器