Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002914`

染色体: Chr03 坐标: 45898867-45900268 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002914`
名称	SmilChr03G002914
描述	uncharacterized SmilChr03G002914
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	45898867 - 45900268 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018876`
GeneID	`131018876`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018876`
原始查询	`LOC131018876`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803554.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803554.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803554.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803554.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057803554.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:45898895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C60
`Chr3:45898917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A20,B124,B138,B140,B29,B32,B41,B42,B67,C16,C22,C32,C56,C68
`Chr3:45898922`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B105,B14,B34,B5,B55,B89,B91,C74,C86
`Chr3:45898939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr3:45898946`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr3:45898954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B139,C56,C59,C87
`Chr3:45898971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	34	A19,A2,A20,A3,A5,B120,B133,B136,B25,B27,B29,B30,B45,B46,B50,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B83,B85,B88,C1,C14,C16,C23,C24,C28,C44,C47,C7,D5
`Chr3:45898986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,C5
`Chr3:45899007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr3:45899015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr3:45899022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr3:45899031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,C41,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803554.1

360 aa

180

360

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 155-287 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803554.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	155	287	2.7e-14	54.2	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947571.1
ATGGATGCTTCTACTCAATCCGGGTCTAATCCATCCGGTTCTACTCCATCCGGTTCTGGTCCATCCGGTTCTGGTCCTATTTTCGATAATAGGCCGCCAGAGGATGAAAACCCTAATGTGGAGGAGGAACGTGTTACTAGTGATGGGCGGATATGGGTTTATTTCACTCGTAGTGTTCTGAGGCCGACTGGAGCTATTCGGGCTAGGGCGACTGATAGCTTTCAAGGTATGCCACATGAAAGTGGCACCAATTGGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018876
ATGGATGCTTCTACTCAATCCGGGTCTAATCCATCCGGTTCTACTCCATCCGGTTCTGGTCCATCCGGTTCTGGTCCTATTTTCGATAATAGGCCGCCAGAGGATGAAAACCCTAATGTGGAGGAGGAACGTGTTACTAGTGATGGGCGGATATGGGTTTATTTCACTCGTAGTGTTCTGAGGCCGACTGGAGCTATTCGGGCTAGGGCGACTGATAGCTTTCAAGGTATGCCACATGAAAGTGGCACCAATTGGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803554.1
MDASTQSGSNPSGSTPSGSGPSGSGPIFDNRPPEDENPNVEEERVTSDGRIWVYFTRSVLRPTGAIRARATDSFQGMPHESGTNWKNLTEGMRDFYFDEFEKAFCWDKTQHTRHVIKKAWVKAARVAYKDYISNCKKVLLIHKKKIDYLQPNIEAAWRAYWALPDTQARSAQASRNRRSEPGGPGTGMAIHHGGSRSALDHAEHLARESNISFDEATWATFRRLHYKNGQYTAGRPAQHGLEVERRLAELRQTQEEVTPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器