Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002985`

染色体: Chr03 坐标: 46673673-46681349 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002985`
名称	SmilChr03G002985
描述	uncharacterized SmilChr03G002985
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	46673673 - 46681349 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018886`
GeneID	`131018886`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018886`
原始查询	`LOC131018886`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0307600; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os11g0307600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os11g0307600` - identity=22.2; qcov=0.427; evalue=1.18e-09; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018886

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803563.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057803563.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057803563.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803563.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803563.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:46673803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C15
`Chr3:46673803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr3:46679424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:46679894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B123,B55,C37,C72
`Chr3:46680067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B59,B88,C18,D5
`Chr3:46680179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:46680231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:46680695`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr3:46681335`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	41	A13,A16,A7,B117,B13,B136,B17,B25,B26,B5,B6,B60,B62,B70,B71,B72,B74,B80,B81,B88,B98,C10,C15,C2,C20,C21,C24,C29,C35,C40,C52,C62,C67,C70,C71,C72,C80,C81,C86,D4,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803563.1

497 aa

248

497

DUF8566

PF29561 DUF8566 126-326 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803563.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	126	326	5.3e-50	170.7	Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947580.1
ACCTTTCCTACAACAACATATATAGCCCAAAAACAAAACCTAGTTTAGTCCCAAGATTGTGAATTTTCCTGTTTCCTAACGCTGCCGTGAGATGCCTCGCAAGCGCCGACAATTGGAAACCGATCATCATCAGCCTCCGCCGGCCAGGTACATATCTGCAAACATGGAGACTAAAAAAAGTAAGGAAAAATCTTTACTAGATGGTTGTGAAATTGGTGATGCTTCGAATAAGACAGAGAATATAGAGTGTGCTCCAACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018886
ATGCCTCGCAAGCGCCGACAATTGGAAACCGATCATCATCAGCCTCCGCCGGCCAGGTACATATCTGCAAACATGGAGACTAAAAAAAGTAAGGAAAAATCTTTACTAGATGGTTGTGAAATTGGTGATGCTTCGAATAAGACAGAGAATATAGAGTGTGCTCCAACTAGCATGGACAAGGGAAAACGTCCATTTAAACGAGTTAAGTGTATGGCCAAAAAGTTAAAACCAAGTGAGCTTGTCGGGGAAACAACACCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803563.1
MPRKRRQLETDHHQPPPARYISANMETKKSKEKSLLDGCEIGDASNKTENIECAPTSMDKGKRPFKRVKCMAKKLKPSELVGETTPESYTDRIHIINPKNVKCRRRGVKLAVETQKTGLHTSLKNRTTTATFHDKLGELNDAQKEAIRAIGFGRILELKVRQIPGKLAYWVLDKFNSASCELQVDDGRNLKVTEDDVYRVFGFPKGKELIVNFERTASNKMFEEWVSFFGVGGKEKIKIGAVLNEMVNSRDGGTWFKRHF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器