当前解析结果
SmilChr03G003007| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003007 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003007 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003007 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 46900141 - 46909143 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018891 |
|---|---|
| GeneID | 131018891 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018891 |
| 原始查询 | LOC131018891 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=34.9; qcov=0.381; evalue=5.22e-25; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018891 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803568.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057803568.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057803568.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803568.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803568.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:46904849 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr3:46904932 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr3:46904963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B16,B60,C43 |
Chr3:46905784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr3:46905803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,C28,C39,C79 |
Chr3:46905872 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C16 |
Chr3:46905946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,B53 |
Chr3:46905949 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,C64,C65 |
Chr3:46906030 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,B45,C1,C30 |
Chr3:46906031 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B135 |
Chr3:46906031 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803568.1PF19259
Ty3_capsid 37-204 aa
PF03732
PEG10_N-capsid 46-125 aa
PF13650
Asp_protease_2 230-308 aa
PF13975
gag-asp_proteas 230-311 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 230-328 aa
PF08284
RVP_2 231-328 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803568.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 37 | 204 | 1.1e-08 | 35.5 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057803568.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 46 | 125 | 2.1e-14 | 54.3 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057803568.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 230 | 308 | 1.1e-07 | 33.2 | Aspartyl protease |
XP_057803568.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 230 | 311 | 6.5e-09 | 37.0 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057803568.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 230 | 328 | 6.6e-13 | 49.8 | PEG10/RTL1 protease domain |
XP_057803568.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 231 | 328 | 3.5e-24 | 85.9 | Retroviral aspartyl protease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。