当前解析结果
SmilChr03G003027| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003027 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003027 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003027 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 47196264 - 47197202 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018903 |
|---|---|
| GeneID | 131018903 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018903 |
| 原始查询 | LOC131018903 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=24.4; qcov=0.865; evalue=1.08e-12; confidence=weak |
| Rice | Os02g0118800- identity=25.8; qcov=0.881; evalue=9.36e-20; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018903 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803577.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057803577.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057803577.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057803577.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803577.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:47196269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C29 |
Chr3:47196290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C87 |
Chr3:47196290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr3:47196312 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 154 | A1,A10,A13,A14,A16,A18,A2,A20,A22,A23,A24,A25,A5,A6,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B108,B109,B11,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B125,B127,B129,B130,B131,B132,B133,B137,B138,B14,B140,B16,B18,B19,B20,B21,B22,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B31,B33,B34,B35,B4,B41,B42,B43,B44,B46,B48,B49,B50,B51,B54,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B74,B75,B76,B78,B8,B80,B86,B89,B90,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C13,C16,C17,C18,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C34,C35,C37,C38,C4,C40,C41,C42,C44,C46,C47,C48,C51,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C67,C71,C73,C75,C76,C77,C79,C8,C80,C83,C84,C85,C86,C87,D11,D2,D6,D7,D8,D9 |
Chr3:47196314 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr3:47196339 |
TTC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A7,B13,B130,B2,B54,C79,C81 |
Chr3:47196343 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | A14,A25,B138,B14,B22,C34,C47 |
Chr3:47196356 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B105 |
Chr3:47196356 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
Chr3:47196360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,C4 |
Chr3:47196391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr3:47196393 |
CTT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A18,B104,B139,B89,C10,C51,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803577.1PF13966
zf-RVT 114-208 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803577.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 114 | 208 | 1.7e-18 | 67.7 | zinc-binding in reverse transcriptase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。