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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003068

染色体: Chr03 坐标: 47637794-47638543 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003068
名称SmilChr03G003068
描述uncharacterized SmilChr03G003068
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47637794 - 47638543 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018909
GeneID131018909
locus_tag-
NCBI NameLOC131018909
原始查询LOC131018909

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=26.8; qcov=0.663; evalue=1.38e-09; confidence=low
RiceOs06g0521000
-
identity=31.1; qcov=0.635; evalue=4.61e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018909

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803581.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803581.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803581.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803581.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803581.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47637816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,A6,B11,B89
Chr3:47637822 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 89 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A24,A25,A3,A5,A6,B10,B101,B109,B110,B111,B114,B115,B123,B128,B133,B138,B139,B14,B15,B16,B2,B29,B31,B32,B33,B34,B38,B39,B56,B61,B66,B67,B7,B71,B72,B8,B82,B83,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B93,B96,B99,C13,C22,C25,C27,C3,C30,C32,C36,C37,C38,C42,C48,C52,C54,C55,C59,C60,C61,C62,C64,C66,C68,C70,C73,C75,C8,C81,C83,C84,C85,D1,D5,D7,D8
Chr3:47637829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C20
Chr3:47637833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,C35,C86
Chr3:47637842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:47637851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B77,C9
Chr3:47637865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:47637879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C20,C25
Chr3:47637903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D6
Chr3:47637904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr3:47637941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B86
Chr3:47637950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B140,C1,C4,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947598.1
ATGCCGGCGGCCACCAAACGTAGCAACTATTATCCGCCAGAAACGGTGCTAATTTTCCGTTTGTATCTCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCACCCAATACAACGCTGAAAAGCCCCGAGGATCTATTTCATGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACTGGTGGCGAAGGATTCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGTCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018909
ATGCCGGCGGCCACCAAACGTAGCAACTATTATCCGCCAGAAACGGTGCTAATTTTCCGTTTGTATCTCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCACCCAATACAACGCTGAAAAGCCCCGAGGATCTATTTCATGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACTGGTGGCGAAGGATTCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGTCACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803581.1
MPAATKRSNYYPPETVLIFRLYLEHTHDSVVGVDQKGAKFWGSLCTQYNAEKPRGSISCDVTQIKSHFQLVAKDSKRFEAMHKKCHDQWKSGMSDGQIVEQAEAMWLAEYRVPFRYPHAWKILRESKKFASLGEDVHSDVHSDKRSKGSGGLPTTTSSDASISTRPQGQKAAKRDKRKGKKNAEETSEDNQKALGYMVAEIKQRNNIR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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