当前解析结果
SmilChr01G001569| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001569 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001569 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001569 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 29691777 - 29694955 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018918 |
|---|---|
| GeneID | 131018918 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018918 |
| 原始查询 | LOC131018918 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsGPCR; symbol=OsGPCR; hit=Os11g0546100; species=rice; confidence=high |
| 产物 | OsGPCR; symbol=OsGPCR; hit=Os11g0546100; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G01070 (AT2G01070)Lung seven transmembrane receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814637] identity=65.4; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os11g0546100 (OsGPCR)- identity=67.1; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006810 (transport); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06814 (GOST_TM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018918 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057803591.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.80000 | XP_057803591.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057803591.1 |
| 4 | Secretory vesicle | Secretory vesicle | 0.20000 | XP_057803591.1 |
| 5 | Endosome | 内体 | 0.20000 | XP_057803591.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:29692197 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B74 |
Chr1:29692197 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr1:29693480 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr1:29693584 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr1:29693887 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B128,B99,C49,C56 |
Chr1:29693939 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr1:29694740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B133,C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803591.1PF06814
GOST_TM 216-460 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803591.1 |
Pfam | PF06814 |
GOST_TM | Domain | 216 | 460 | 1.5e-88 | 297.3 | GOST, seven transmembrane domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。