Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003147`

染色体: Chr03 坐标: 48777749-48779189 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003147`
名称	SmilChr03G003147
描述	uncharacterized SmilChr03G003147
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	48777749 - 48779189 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018927`
GeneID	`131018927`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018927`
原始查询	`LOC131018927`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=35.5; qcov=0.465; evalue=8.64e-43; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	PF24964 (DUF7769)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803595.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057803595.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803595.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803595.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057803595.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:48777751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,D9
`Chr3:48777764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C27,C37
`Chr3:48777773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B52,B95,C29,C43,D8
`Chr3:48777773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B52,B95,C29,C43,D8
`Chr3:48777782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	22	A22,A8,A9,B103,B122,B23,B37,B6,B63,B68,C1,C15,C32,C35,C41,C42,C63,C64,C66,C68,D2,D7
`Chr3:48777800`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B101,B112,B130,B137,B21,C43
`Chr3:48777802`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A6,B112,D9
`Chr3:48777804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C12
`Chr3:48777804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr3:48777806`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C21
`Chr3:48777837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,A25,C70
`Chr3:48777886`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803595.1

454 aa

227

454

DUF7769

PF24964 DUF7769 8-62 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803595.1`	Pfam	`PF24964`	DUF7769	Domain	8	62	2e-10	40.9	Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947612.1
ATGGCTATAGAAAGGCCAAAGTTACAAGATGATCAAAGAAACAAAGTTGCCCAGTGGCTGTTAGAGCATAGCAGTGAAGGCAACCTTCGCCATGGAGCAAAAAAAGAGGCGGCACTTCACTTCAAAGTAAACTTGAAGACCATTTGGAGGATTTGGAGCCAAGTCTCCAATCAAAGAGCATCCGGTGTACCTGTCCATGTTAAATCAATTAGAAAAGGATGTATACACAAGGATAAGATGCTCATTGATGGTGAAAAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018927
ATGGCTATAGAAAGGCCAAAGTTACAAGATGATCAAAGAAACAAAGTTGCCCAGTGGCTGTTAGAGCATAGCAGTGAAGGCAACCTTCGCCATGGAGCAAAAAAAGAGGCGGCACTTCACTTCAAAGTAAACTTGAAGACCATTTGGAGGATTTGGAGCCAAGTCTCCAATCAAAGAGCATCCGGTGTACCTGTCCATGTTAAATCAATTAGAAAAGGATGTATACACAAGGATAAGATGCTCATTGATGGTGAAAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803595.1
MAIERPKLQDDQRNKVAQWLLEHSSEGNLRHGAKKEAALHFKVNLKTIWRIWSQVSNQRASGVPVHVKSIRKGCIHKDKMLIDGEKVKKLSVLERSTLRCMSTHLGVSKSLLHQWVKEKKLKPHTNAIKPFLTTQNKLCRLRWSLKQLSRVSEDGFIPFQSMYNTIHIDEKWFYLTKTNDRYYLLPDEEEPHRTCKSKRHIEKIMFMCAAARPIIDEDGTVIFDGKLGIYPFITTEPAQRNSKNRVKGTLEVKAIAAITK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器