Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003213`

染色体: Chr03 坐标: 49748762-49749301 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003213`
名称	SmilChr03G003213
描述	uncharacterized SmilChr03G003213
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	49748762 - 49749301 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018935`
GeneID	`131018935`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018935`
原始查询	`LOC131018935`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=40.7; qcov=0.754; evalue=6.89e-22; confidence=medium
Rice	`Os06g0597250` - identity=40.9; qcov=0.955; evalue=4.19e-34; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803602.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057803602.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057803602.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057803602.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803602.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:49748773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A13,B113,B115,B126,B127,B130,B134,B137,B138,B34,B35,B36,B41,B45,B51,B61,B68,B70,B73,B77,B86,C15,C19,C26,C27,C3,C35,C36,C4,C50,D9
`Chr3:49748788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B127,B67,B97,C46
`Chr3:49748805`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B23,B25,B93,C83
`Chr3:49748869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr3:49748879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr3:49748882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B23
`Chr3:49748900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	37	A22,A24,A25,A8,B103,B119,B128,B131,B136,B20,B38,B39,B52,B53,B68,B75,B87,B91,B93,C19,C31,C34,C37,C41,C51,C56,C57,C58,C63,C67,C70,C78,C8,C82,C85,C9,D7
`Chr3:49749034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr3:49749035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:49749060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr3:49749069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr3:49749080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803602.1

179 aa

179

DUF8418

PF28509 DUF8418 58-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803602.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	58	96	2.3e-14	53.6	Domain of unknown function (DUF8418)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947619.1
ATGGCTGAATGGTTCAATGATATTTCGTCGTCTTCATCCGACGGGATTACCCAAGAAATCATGGATGTCATCGTGGAGTCAAAAGAAGCGGTTGCTCAATTTTTCACCCAACTGGAGCCGGAACGTGTTATTCACAACCGAACTTACGTTTATTGTGATCATGAGGCTGTTCATCTACGTCTTATGCAAGACTACTTCAACAACAATCCGATGTACAGGCCAACATTTTTTCAACTGCGTTTTCGAATGCAGAAGGAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018935
ATGGCTGAATGGTTCAATGATATTTCGTCGTCTTCATCCGACGGGATTACCCAAGAAATCATGGATGTCATCGTGGAGTCAAAAGAAGCGGTTGCTCAATTTTTCACCCAACTGGAGCCGGAACGTGTTATTCACAACCGAACTTACGTTTATTGTGATCATGAGGCTGTTCATCTACGTCTTATGCAAGACTACTTCAACAACAATCCGATGTACAGGCCAACATTTTTTCAACTGCGTTTTCGAATGCAGAAGGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803602.1
MAEWFNDISSSSSDGITQEIMDVIVESKEAVAQFFTQLEPERVIHNRTYVYCDHEAVHLRLMQDYFNNNPMYRPTFFQLRFRMQKELSLHIVDAVQGEDGYFRMSHDAAGRDSLTPLQKCMVAICQLAIVVSADTFDEYLKVADTTGHLCLKKFCKAVIRAYEAEYLRCPTAADVQRLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器