Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003228`

染色体: Chr03 坐标: 49999920-50000659 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003228`
名称	SmilChr03G003228
描述	60S ribosomal protein L4-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	49999920 - 50000659 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018944`
GeneID	`131018944`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018944`
原始查询	`LOC131018944`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L4-like
产物	60S ribosomal protein L4-like
Arabidopsis	`AT3G09630` (AT3G09630) Ribosomal protein L4/L1 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820120] identity=81.9; qcov=0.987; evalue=4.39e-139; confidence=high
Rice	`Os07g0180900` - identity=76.1; qcov=0.979; evalue=1.4e-125; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00573 (Ribosomal_L4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803609.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057803609.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803609.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803609.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803609.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803609.1

235 aa

118

235

Ribosomal_L4

PF00573 Ribosomal_L4 32-232 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803609.1`	Pfam	`PF00573`	Ribosomal_L4	Family	32	232	5.8e-22	79.0	Ribosomal protein L4/L1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947626.1
TAGTTGTTTTCCCGTATCCAGCCCCCGGGAAAATGGCCGCCGCCGCCGCCCGCCCCCTCGTCACCGTGCAGTCCCTGGAGAACGATATGGCCACCGACGGAGGAGCCGCAGCCAACTGCCTGCCTCTTCCTGACGTAATGAAAGCCGCTATCCGCCCCGACATCGTCACGTTCGTGGACGGCCAGATCTCCAACAACGCCCGGCAGCCTTACGCCGTCTCCAAACGCGCCGGCCACCAGACCTCTGCCGAGTCCTGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018944
ATGGCCGCCGCCGCCGCCCGCCCCCTCGTCACCGTGCAGTCCCTGGAGAACGATATGGCCACCGACGGAGGAGCCGCAGCCAACTGCCTGCCTCTTCCTGACGTAATGAAAGCCGCTATCCGCCCCGACATCGTCACGTTCGTGGACGGCCAGATCTCCAACAACGCCCGGCAGCCTTACGCCGTCTCCAAACGCGCCGGCCACCAGACCTCTGCCGAGTCCTGGGGTACCGGCCGTGCAGTCTCCCGTATCCCCCGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803609.1
MAAAAARPLVTVQSLENDMATDGGAAANCLPLPDVMKAAIRPDIVTFVDGQISNNARQPYAVSKRAGHQTSAESWGTGRAVSRIPRVPGGGTHRAGQGAFGNMCRGGRMFAPTKIWRRWHRAVNVTQKRHAVVSAIAASAVPSLVLARGHKIEEVPELPLVVSDSAEAVEKTSAALKILKQIGALADAEKAKDSQGIRAGKGKMRNRRYISRKGPLIVYGNEGSKLVKAFRNQER

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器