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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003278

染色体: Chr03 坐标: 50776229-50776918 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003278
名称SmilChr03G003278
描述uncharacterized SmilChr03G003278
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向50776229 - 50776918 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018948
GeneID131018948
locus_tag-
NCBI NameLOC131018948
原始查询LOC131018948

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803613.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057803613.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803613.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803613.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803613.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:50776278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A9,B25,B88,C31
Chr3:50776291 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A10,B119,B39,B85,C86
Chr3:50776291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B119,B39,B85,C86
Chr3:50776293 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 4 B104,B106,C48,C59
Chr3:50776293 C CA 1bp_insertion CDS_variant 4 B104,B106,C48,C59
Chr3:50776301 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B130,B23,B30,B58,B68,C18,C62,C80
Chr3:50776302 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 48 A14,A19,A2,B102,B103,B106,B11,B111,B115,B117,B119,B127,B131,B132,B134,B135,B138,B18,B25,B31,B38,B50,B51,B63,B64,B65,B69,B77,B80,B81,B90,B91,B92,B93,C1,C22,C34,C51,C58,C61,C72,C77,C82,C83,C85,D10,D4,D9
Chr3:50776327 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B126,B137,B19,C19,C48,C50,C60,C65,C68,C71,D7
Chr3:50776329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,B69,B70,B78,C38
Chr3:50776345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:50776368 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 C21,D1
Chr3:50776368 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 C21,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947630.1
ATGTACAGATCAGAAATTCTCGCCGCCCTTGAAAAGCTTCGAATCTCCATCTACAGCCTGCAATCTTCCTTCGAGGCAAATTTTCTGGCCACCAACAAGTTTCCTCAAGCTACTGCTCCAGATGTGTGTTGGTCTCCATCCTCTTCGCCACCACCCCCAAACGTGCCGCCTTCACTTCCAATACTGCCAACACCACCGCCACTGTACCTCGGGCACACCCTTGCCACATGGTCGTTCTCACCGCACTTGAAGCAACCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018948
ATGTACAGATCAGAAATTCTCGCCGCCCTTGAAAAGCTTCGAATCTCCATCTACAGCCTGCAATCTTCCTTCGAGGCAAATTTTCTGGCCACCAACAAGTTTCCTCAAGCTACTGCTCCAGATGTGTGTTGGTCTCCATCCTCTTCGCCACCACCCCCAAACGTGCCGCCTTCACTTCCAATACTGCCAACACCACCGCCACTGTACCTCGGGCACACCCTTGCCACATGGTCGTTCTCACCGCACTTGAAGCAACCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803613.1
MYRSEILAALEKLRISIYSLQSSFEANFLATNKFPQATAPDVCWSPSSSPPPPNVPPSLPILPTPPPLYLGHTLATWSFSPHLKQPLPLSTPPPLPPLVLQPPLQIPPDVLPSLTMPPTPPSITTSVSPPPILGSRFWLLVGSKDEIVVDVFGPIFDAIAKVLTAGVSSFYRSMAVFAGQEVRLDGEPPPDPLGVSSRSVLELVCWNFCRARGGHKCIKLSNQFTLRTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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