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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003312

染色体: Chr03 坐标: 51368343-51369923 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003312
名称SmilChr03G003312
描述uncharacterized SmilChr03G003312
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向51368343 - 51369923 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018959
GeneID131018959
locus_tag-
NCBI NameLOC131018959
原始查询LOC131018959

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35; qcov=0.473; evalue=7.91e-39; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803625.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057803625.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803625.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803625.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803625.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:51368470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A8,C58,D8
Chr3:51368474 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B1,B111,B113,B138,B37,B79,C40
Chr3:51368484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B138,B37
Chr3:51368490 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A7,B115,B121,B23,B35,B53,B70,C25,C42,C43,C53,C80
Chr3:51368492 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B82,C71
Chr3:51368492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C71
Chr3:51368500 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 29 A10,A21,A9,B122,B135,B137,B138,B20,B29,B32,B59,B63,B71,B86,B9,C1,C14,C18,C33,C45,C51,C54,C57,C60,C61,C75,C80,D1,D5
Chr3:51368508 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 72 A13,A22,A23,A3,A4,B100,B104,B107,B108,B112,B114,B115,B117,B12,B122,B124,B129,B135,B2,B29,B3,B30,B32,B42,B43,B45,B47,B48,B51,B52,B62,B64,B65,B71,B77,B8,B84,B90,B91,B93,B94,B97,B98,B99,C10,C12,C15,C24,C37,C4,C47,C48,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C60,C64,C65,C70,C71,C77,C78,C8,C81,C9,D2,D5,D7,D9
Chr3:51368511 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B101,C62
Chr3:51368511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C62
Chr3:51368567 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C67
Chr3:51368567 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947642.1
ATGGTGAAGAAAGAGCTATCCACCGAGCAACAAAATCAAATTGTGCAATTCATTCTTCACGGGTCCATCAACGGCAAACCATCTCGAGGCAAGCTCTTGGAGGCGCAATTGAAGTGGTCCGTCTCGCGTTGGACCATTTATCGGCTATGGGGGGCTGCAAAAAAACAACAAGAGAAAGGAAAAGTCATTCATCTTGTAAGCGGTAAGAAAACCAAGATAGTGAAGAAAAAATTACACTTAGACACCACACTACTCTCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018959
ATGGTGAAGAAAGAGCTATCCACCGAGCAACAAAATCAAATTGTGCAATTCATTCTTCACGGGTCCATCAACGGCAAACCATCTCGAGGCAAGCTCTTGGAGGCGCAATTGAAGTGGTCCGTCTCGCGTTGGACCATTTATCGGCTATGGGGGGCTGCAAAAAAACAACAAGAGAAAGGAAAAGTCATTCATCTTGTAAGCGGTAAGAAAACCAAGATAGTGAAGAAAAAATTACACTTAGACACCACACTACTCTCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803625.1
MVKKELSTEQQNQIVQFILHGSINGKPSRGKLLEAQLKWSVSRWTIYRLWGAAKKQQEKGKVIHLVSGKKTKIVKKKLHLDTTLLSSLAYSKRGTIRRLAVGLGNSKSTVGRWVSAGLIRAHTSAIKPNLTAANKLLRMRFSLEALEVDRVLNKIKFKTMHNTVHIDEKWFYITKGLHRFYLAPEEVEPHRTCQSKKFIGKIMFICAVSRPIFGDNGEVLFDGKIGIFHFTKQVPAKRSSKNRVAGTLETKPIDSITKEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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