当前解析结果
SmilChr03G003312| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003312 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003312 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003312 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 51368343 - 51369923 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018959 |
|---|---|
| GeneID | 131018959 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018959 |
| 原始查询 | LOC131018959 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=35; qcov=0.473; evalue=7.91e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018959 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803625.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057803625.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803625.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803625.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057803625.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:51368470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,A8,C58,D8 |
Chr3:51368474 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B1,B111,B113,B138,B37,B79,C40 |
Chr3:51368484 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B138,B37 |
Chr3:51368490 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A7,B115,B121,B23,B35,B53,B70,C25,C42,C43,C53,C80 |
Chr3:51368492 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B82,C71 |
Chr3:51368492 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B82,C71 |
Chr3:51368500 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 29 | A10,A21,A9,B122,B135,B137,B138,B20,B29,B32,B59,B63,B71,B86,B9,C1,C14,C18,C33,C45,C51,C54,C57,C60,C61,C75,C80,D1,D5 |
Chr3:51368508 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 72 | A13,A22,A23,A3,A4,B100,B104,B107,B108,B112,B114,B115,B117,B12,B122,B124,B129,B135,B2,B29,B3,B30,B32,B42,B43,B45,B47,B48,B51,B52,B62,B64,B65,B71,B77,B8,B84,B90,B91,B93,B94,B97,B98,B99,C10,C12,C15,C24,C37,C4,C47,C48,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C60,C64,C65,C70,C71,C77,C78,C8,C81,C9,D2,D5,D7,D9 |
Chr3:51368511 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B101,C62 |
Chr3:51368511 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,C62 |
Chr3:51368567 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C67 |
Chr3:51368567 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C67 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。