Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003414`

染色体: Chr03 坐标: 52476456-52478143 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003414`
名称	SmilChr03G003414
描述	uncharacterized SmilChr03G003414
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52476456 - 52478143 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018978`
GeneID	`131018978`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018978`
原始查询	`LOC131018978`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=35.2; qcov=0.657; evalue=1.25e-18; confidence=low
Rice	`Os06g0597250` - identity=39.4; qcov=0.687; evalue=2.47e-46; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018978

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803645.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803645.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803645.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803645.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057803645.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52476457`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A22,A3,A9,B103,B104,B119,B128,B65,B78,C18,C31,C49,C8,D9
`Chr3:52476520`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr3:52476527`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	88	A1,A10,A11,A13,A15,A2,A20,A22,A24,A3,A9,B1,B10,B117,B12,B123,B125,B13,B132,B133,B139,B14,B15,B16,B2,B23,B25,B27,B35,B37,B4,B47,B5,B52,B53,B54,B55,B56,B6,B62,B71,B76,B79,B82,B83,B86,B88,B89,B90,B91,B92,B94,B96,B98,B99,C12,C14,C16,C21,C22,C28,C29,C30,C33,C41,C44,C5,C51,C53,C56,C57,C59,C60,C61,C62,C63,C73,C75,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C85,C86,D10,D5
`Chr3:52476530`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	113	A1,A10,A13,A14,A16,A4,A5,A6,A7,B1,B10,B101,B102,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B115,B124,B126,B127,B13,B130,B132,B134,B135,B136,B137,B15,B16,B18,B20,B23,B24,B26,B28,B29,B30,B34,B37,B38,B39,B41,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B54,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B67,B7,B72,B73,B74,B76,B79,B81,B85,B86,B89,B90,B96,C10,C12,C13,C15,C16,C24,C25,C27,C3,C33,C35,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C48,C50,C52,C53,C56,C63,C67,C7,C76,C78,C79,C86,C87,D1,D2,D3,D5,D6
`Chr3:52476534`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C37
`Chr3:52476534`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C37
`Chr3:52476535`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	A3,A9,B103,B119,B65,B78,C18,C31,C49,D9
`Chr3:52476536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B118,B31,B69
`Chr3:52476977`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B117
`Chr3:52476977`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B117
`Chr3:52477017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr3:52477068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,A22,B112,B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803645.1

329 aa

164

329

DUF8418

Plant_tran

PF28509 DUF8418 66-105 aa PF04827 Plant_tran 128-270 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803645.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	66	105	5.7e-17	61.9	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057803645.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	128	270	9.3e-49	166.5	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947662.1
ATGGGGGGCTCGTTGCTGGGCTGGAGCCCCCATTTTCCAAGCCTCCCCGTTGCCACACTGAGGGCGTGCGAGCCCCCCCCCCTCCGTGCTCCGGGCTCAAAGCTCCAAGTGGTTGGTGGCGAGTTCTTAACGATTCGATATCCTCCTCCTCTACTGAAGAAGAAGCGTAAAGTTATTCTCCGTGATCGTGAAGGTGGTGGTGAACGCCTACATCGGGATTATTTTGCTCCCGATGCAGTTTATGGGCCACAATTATTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018978
ATGGGGGGCTCGTTGCTGGGCTGGAGCCCCCATTTTCCAAGCCTCCCCGTTGCCACACTGAGGGCGTGCGAGCCCCCCCCCCTCCGTGCTCCGGGCTCAAAGCTCCAAGTGGTTGGTGGCGAGTTCTTAACGATTCGATATCCTCCTCCTCTACTGAAGAAGAAGCGTAAAGTTATTCTCCGTGATCGTGAAGGTGGTGGTGAACGCCTACATCGGGATTATTTTGCTCCCGATGCAGTTTATGGGCCACAATTATTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803645.1
MGGSLLGWSPHFPSLPVATLRACEPPPLRAPGSKLQVVGGEFLTIRYPPPLLKKKRKVILRDREGGGERLHRDYFAPDAVYGPQLFRHRFGMSRALFLRIVNALEVDPYFQQCPDACGRFDFSPIQAQWRFGNWLAWHGAYTRGDESEPTIILEVVASQDLWIWHAFFRVVGSNDDINLLNQSTLFNDVLLGNEAVVQFISNNFHHTRGCYLTDGIYPNWPVFVKSFQFPSDEKKRRFKMMQEVARKDVERAFGVARWGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器