Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003556`

染色体: Chr03 坐标: 54208083-54210842 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003556`
名称	SmilChr03G003556
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	54208083 - 54210842 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019002`
GeneID	`131019002`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019002`
原始查询	`LOC131019002`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=29.7; qcov=0.831; evalue=4.58e-79; confidence=low
Rice	`Os03g0164400` - identity=30; qcov=0.74; evalue=4.88e-67; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019002

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803671.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803671.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803671.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803671.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803671.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:54208112`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr3:54208281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,A6,B112,C27,C66
`Chr3:54208286`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A13
`Chr3:54208286`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A13
`Chr3:54208306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,C27
`Chr3:54208336`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A6
`Chr3:54208336`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A6
`Chr3:54208393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr3:54208425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B103,C60,C68,D5
`Chr3:54208533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr3:54208553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C25
`Chr3:54208629`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803671.1

680 aa

340

680

FAR1

MULE

PF03101 FAR1 136-229 aa PF10551 MULE 351-442 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803671.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	136	229	1e-18	68.5	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057803671.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	351	442	2.7e-25	89.3	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947688.1
ATGATTCTTGACTTCCTCAACAAGTCTCTTGTGAATGACCAATTCTTCCGCACCCATTTTCGATTTGTTTGCTTGGAGCATTTGGAGGTTGAAAGCTTCGCGTTGAGTCCAACTAAGAATCTCCGTGGAGTCCACGACTCTATCCATTGCCGTACCTCGTTGTCTACCCCCATCAGAACCTTTCAAACGTTTCGAAGAGTGGACGCCCTCGCCGCTCGATGCGAAACGTTGACATTCGCGGAGAACTCGCCAAGCTTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019002
ATGATTCTTGACTTCCTCAACAAGTCTCTTGTGAATGACCAATTCTTCCGCACCCATTTTCGATTTGTTTGCTTGGAGCATTTGGAGGTTGAAAGCTTCGCGTTGAGTCCAACTAAGAATCTCCGTGGAGTCCACGACTCTATCCATTGCCGTACCTCGTTGTCTACCCCCATCAGAACCTTTCAAACGTTTCGAAGAGTGGACGCCCTCGCCGCTCGATGCGAAACGTTGACATTCGCGGAGAACTCGCCAAGCTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803671.1
MILDFLNKSLVNDQFFRTHFRFVCLEHLEVESFALSPTKNLRGVHDSIHCRTSLSTPIRTFQTFRRVDALAARCETLTFAENSPSLDAENSTFAENSTFAENSRRTRQTSNLASHGESRLPYVGQVFSSLDEAFDLYGLYGYSCGFDVRKGTTRKGKYGQIIYQTFVCIREGINPGTNDEHAETQSKTKKRRRRPSTRCDCRANVIMKRRDSGEYFVSVFNEAHNHKLISEDCRHFMKYNRKVDSSHQLIMLKCAKVNIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器