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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003898`

染色体: Chr03 坐标: 58059440-58071896 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003898`
名称	SmilChr03G003898
描述	transcriptional activator DEMETER-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58059440 - 58071896 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019059`
GeneID	`131019059`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019059`
原始查询	`LOC131019059`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcriptional activator DEMETER-like
产物	transcriptional activator DEMETER-like
Arabidopsis	`AT5G04560` (DME) HhH-GPD base excision DNA repair family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830335] identity=71.9; qcov=0.264; evalue=0; confidence=weak
Rice	`Os01g0218032` (ROS1A) - identity=67.1; qcov=0.283; evalue=0; confidence=weak
GO	GO:0006284 (base-excision repair); GO:0019104 (DNA N-glycosylase activity); GO:0035514 (DNA demethylase activity); GO:0051539 (4 iron, 4 sulfur cluster binding); GO:0080111 (GO:0080111)
KEGG	-
Pfam	PF15628 (RRM_DME); PF15629 (Perm-CXXC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019059

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803723.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057803723.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803723.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803723.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803723.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58059974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr3:58060034`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr3:58060188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr3:58060825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,D5
`Chr3:58060851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B25,B35
`Chr3:58060853`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A5,B123,B130,B14,B47,B67,B71,C62,D10,D11
`Chr3:58060857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B51,B68,D6
`Chr3:58060861`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr3:58061345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,B53,D11
`Chr3:58061724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr3:58061737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,D5
`Chr3:58061770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B51,B68,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803723.1

2018 aa

1009

2018

Perm-CXXC

RRM_DME

PF15629 Perm-CXXC 1872-1903 aa PF15628 RRM_DME 1906-2006 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803723.1`	Pfam	`PF15629`	Perm-CXXC	Family	1872	1903	1.7e-10	41.7	Permuted single zf-CXXC unit
`XP_057803723.1`	Pfam	`PF15628`	RRM_DME	Family	1906	2006	2.6e-53	179.2	RRM in Demeter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947740.1
AGTTAAGTACCACTTAGCTCTCCTCTCTCTTTCTCTCTCTATAATCTCTCTCTCAACCTCCACTATTGTAACGAATGCGGTTTTCTGGCATTGACTCGTGGCGGAGCTGATCTTTTATGTTGTTTCCAAACAAGGAATACTATGTACAGATCGGAAGGTCAAAAGAGTGTAGAAATTCAGTTACAAGCAGTTGATGGGGTGATTTATCTCACAAATAAGGGGTAATTGGTTGGACACATCCAGTGGATGATGGAGCAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019059
ATGGAGCAGGGGAGGGGATCTTCAATGCCCTGGGAGAAGGGAGTTACACAGAATGGAAATTTATGGATTCCATCTACACCTGGCAAACCACTTTTGCAGAGTTCTAATAATGCGCGGTCTGATGTGCAACAGAGTCAGATTGGGCAACAAAATTGGGATGTGTATGAAGATGTTTATCGGAATAAGCAACTTCATAGTTTTGATCTAAACAGAAGTGAAGGTCCAAGCTACACGGAGCATAACCATGACACCTGGATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803723.1
MEQGRGSSMPWEKGVTQNGNLWIPSTPGKPLLQSSNNARSDVQQSQIGQQNWDVYEDVYRNKQLHSFDLNRSEGPSYTEHNHDTWIMGQGRGSSAPREKGVTQNGNIWIPLTPEKLVLQSSNNASSEIQQNQIGRQNWHNLVDVYEDFLRNKQPHSFDLNRIESPSYTEHNHKGVPPAENYSRLQPNLPATGNLGLNGKVQTSQAVASVEAYNSFPLNSDRNGCTGVDDLQLNNQNISILQKLRCLNHNAGRIGSYVQNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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