Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003930`

染色体: Chr03 坐标: 58371627-58374485 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003930`
名称	SmilChr03G003930
描述	monocopper oxidase-like protein SKU5
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58371627 - 58374485 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019066`
GeneID	`131019066`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019066`
原始查询	`LOC131019066`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	monocopper oxidase-like protein SKU5
产物	monocopper oxidase-like protein SKU5
Arabidopsis	`AT4G12420` (SKU5) Cupredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826851] identity=45; qcov=0.957; evalue=4.7e-107; confidence=high
Rice	`Os08g0154250` (OJ1349_D05.141) - identity=47.1; qcov=0.962; evalue=1.54e-107; confidence=high
GO	GO:0005507 (copper ion binding); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019066

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057803729.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803729.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803729.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803729.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803729.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58372096`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,D2
`Chr3:58372120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,B131,B34
`Chr3:58372553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr3:58372585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B39,B57
`Chr3:58372614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:58372988`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B132,B136,B63
`Chr3:58373039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr3:58373065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B44,B77,C71
`Chr3:58374288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B12,B24,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803729.1

399 aa

200

399

Cu-oxidase

Cu-oxidase_2

PF00394 Cu-oxidase 13-140 aa PF07731 Cu-oxidase_2 224-361 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803729.1`	Pfam	`PF00394`	Cu-oxidase	Domain	13	140	2.8e-32	112.7	Multicopper oxidase
`XP_057803729.1`	Pfam	`PF07731`	Cu-oxidase_2	Domain	224	361	2.1e-28	99.5	Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947746.1
ATGGAGGAATACTACAAGAATGCTCGGATAATGATACAAGAAAACACAAATCAAATGTTCCCTAGTGTCATTTTGATGAATGGGAAGGGGCCTTATGGCAGTCTTGGTTCCACATTGTATGAGTCTTTCAATGTCACAAAAGGGAAGACCTACCGGTTTAGGATCTCAAACGTCGGGACTCAGTTTAGCTTCAACTTGAGGTTTCAGAAGCATCAGATGGTTCTTGTGGAGACAGAAGGCTCCTATACGGACCAGATCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019066
ATGGAGGAATACTACAAGAATGCTCGGATAATGATACAAGAAAACACAAATCAAATGTTCCCTAGTGTCATTTTGATGAATGGGAAGGGGCCTTATGGCAGTCTTGGTTCCACATTGTATGAGTCTTTCAATGTCACAAAAGGGAAGACCTACCGGTTTAGGATCTCAAACGTCGGGACTCAGTTTAGCTTCAACTTGAGGTTTCAGAAGCATCAGATGGTTCTTGTGGAGACAGAAGGCTCCTATACGGACCAGATCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803729.1
MEEYYKNARIMIQENTNQMFPSVILMNGKGPYGSLGSTLYESFNVTKGKTYRFRISNVGTQFSFNLRFQKHQMVLVETEGSYTDQIALDSLDVHVGQSYSVLVTADQDEADYYVVATPKFYKFDASNSSLVAKGILHYMNSASAVQGPIPDGPDPFDLDFSINQAKSIRWNLTAGAARPNPQGTFNVSNVTLSQTFVLHGSRALINDVRSYVVNNVSYLTPNTPLKLADYFRNGSGVYQLDKFPTQSISGAAVYGVSVVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器