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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004008

染色体: Chr03 坐标: 59087123-59088281 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004008
名称SmilChr03G004008
描述uncharacterized SmilChr03G004008
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59087123 - 59088281 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019073
GeneID131019073
locus_tag-
NCBI NameLOC131019073
原始查询LOC131019073

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=43.8; qcov=0.241; evalue=1.86e-16; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019073

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803737.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803737.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803737.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803737.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803737.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59087133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A18,D2
Chr3:59087155 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B4,B8,C55,C77
Chr3:59087155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B8,C55,C77
Chr3:59087205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:59087213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,C31,C34,C67
Chr3:59087217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:59087224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:59087229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B28,B58,D10
Chr3:59087241 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 17 A20,A23,A4,A6,B126,B137,B15,B24,B4,B5,B67,C12,C15,C19,C31,C58,C6
Chr3:59087248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:59087258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:59087314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B54,B91,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947754.1
ATGTACAACACTATCCATATCGATGAAAAGTGGTTCTACATCACCAAGGCTTCTCACAGATTCTATTTAACTCCAGCAGAGGCTGAGCCACATAGAAGTTGCAAGAGTAAAAAGTTCATAAAAAAGGTGATGTTCGTGTGTGCGGTGTGTCGACCAATATTTGGTGATGATGGGAGTGTTCTTTTTGACGGGAAGATAGGAATCTTCCCTTTAACAGAAATGGTACCAGCAAAGAGGTCAAGCAAGAATAGAGCAGCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019073
ATGTACAACACTATCCATATCGATGAAAAGTGGTTCTACATCACCAAGGCTTCTCACAGATTCTATTTAACTCCAGCAGAGGCTGAGCCACATAGAAGTTGCAAGAGTAAAAAGTTCATAAAAAAGGTGATGTTCGTGTGTGCGGTGTGTCGACCAATATTTGGTGATGATGGGAGTGTTCTTTTTGACGGGAAGATAGGAATCTTCCCTTTAACAGAAATGGTACCAGCAAAGAGGTCAAGCAAGAATAGAGCAGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803737.1
MYNTIHIDEKWFYITKASHRFYLTPAEAEPHRSCKSKKFIKKVMFVCAVCRPIFGDDGSVLFDGKIGIFPLTEMVPAKRSSKNRAAGTLEQKPIESITQQVMRECFIKQLVPAIKAKWPSFASKIIFIQQDNARPHIKNEDREFRDCATADGFDINIIHQPPNSPDNNINDLGWFRAIQSLQTESVYFDVDSLVNAVVSSFNELAPMTLNKVFLSLQGCMIEIMKVKGQNCYKLPHMKKDALLRQQLLPQCLEVPTDLVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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