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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004219

染色体: Chr03 坐标: 60759102-60760281 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004219
名称SmilChr03G004219
描述cytochrome P450 714C2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60759102 - 60760281 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019087
GeneID131019087
locus_tag-
NCBI NameLOC131019087
原始查询LOC131019087

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 714C2-like
产物cytochrome P450 714C2-like
ArabidopsisAT5G24910 (CYP714A1)
cytochrome P450, family 714, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832560]
identity=49.5; qcov=1.01; evalue=1.11e-92; confidence=high
RiceOs12g0119000 (CYP714C2)
-
identity=51.5; qcov=0.981; evalue=2.78e-93; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019087

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057803753.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057803753.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803753.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803753.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803753.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60759227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B40,C78
Chr3:60759244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C77
Chr3:60759254 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B98
Chr3:60759254 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B98
Chr3:60759266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:60759287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B101,B126,B33,B7
Chr3:60759294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:60759358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,C64,C66
Chr3:60759371 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B137,C65
Chr3:60759371 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B137,C65
Chr3:60759376 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B137,C65
Chr3:60759376 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 B137,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803753.1
267 aa
N
1
134
267
p450
C
PF00067 p450 8-252 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803753.1 Pfam PF00067 p450 Domain 8 252 2.8e-61 208.4 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947770.1
ATGGGTTGCATGAGGACTATTCTGCATGTTCCGACGAGGAGCAACCGGAGGATTTGGGGTCTAGAGCGGGAAATTCGTGCGTCGATTTTAAAGCTAGTGAAGGAGAGGCAGAAGGTCGGAGTCGGCGAGGATTTGCTGCAAACACTTGTTGAAGGGGCAAAGGAGACTTACTCGACATCGGCTGCGATGGATCAGTTCATCGTTGATAACTGCAAGAACATATACTTGGCTGGGTTCGAGACATCGGCTATTTCGGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019087
ATGGGTTGCATGAGGACTATTCTGCATGTTCCGACGAGGAGCAACCGGAGGATTTGGGGTCTAGAGCGGGAAATTCGTGCGTCGATTTTAAAGCTAGTGAAGGAGAGGCAGAAGGTCGGAGTCGGCGAGGATTTGCTGCAAACACTTGTTGAAGGGGCAAAGGAGACTTACTCGACATCGGCTGCGATGGATCAGTTCATCGTTGATAACTGCAAGAACATATACTTGGCTGGGTTCGAGACATCGGCTATTTCGGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803753.1
MGCMRTILHVPTRSNRRIWGLEREIRASILKLVKERQKVGVGEDLLQTLVEGAKETYSTSAAMDQFIVDNCKNIYLAGFETSAISASWCLMLLATNPEWQIRIREEVDQVCEGRVPDIDTLRKMKQLHMVIQETMRLYAPAPTLSREMLKDVKIGGLRVPKGVNVWTMVATLHTDPNIWGPDALQFKPERFQNGISGACKSPNCYMPFGFGQRVCVGQHLAMVELKLLMALIMSNFSFTLSPKYVHKPEMTTIIEPKHGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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