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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004314

染色体: Chr03 坐标: 61503321-61504253 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004314
名称SmilChr03G004314
描述putative receptor-like protein kinase At3g47110
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61503321 - 61504253 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019097
GeneID131019097
locus_tag-
NCBI NameLOC131019097
原始查询LOC131019097

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative receptor-like protein kinase At3g47110
产物putative receptor-like protein kinase At3g47110
ArabidopsisAT3G47110 (AT3G47110)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823864]
identity=35.3; qcov=0.997; evalue=6.33e-51; confidence=medium
RiceOs11g0490200
-
identity=40.5; qcov=0.916; evalue=1.47e-57; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019097

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803762.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803762.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803762.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803762.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803762.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61503332 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 63 A10,A18,A19,A21,A23,A3,B100,B103,B110,B113,B118,B128,B138,B139,B14,B15,B17,B18,B19,B2,B26,B28,B3,B30,B41,B5,B51,B54,B58,B59,B60,B62,B66,B67,B70,B73,B8,B82,C1,C15,C16,C18,C20,C25,C30,C34,C40,C41,C43,C5,C50,C52,C54,C59,C6,C70,C71,C77,C78,D10,D2,D3,D5
Chr3:61503346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B129,B13,B17,B23
Chr3:61503373 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 14 A1,A10,A11,B102,B115,B133,B21,B37,B76,B81,C20,C75,C84,D3
Chr3:61503374 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 14 A1,A10,A11,B102,B115,B133,B21,B37,B76,B81,C20,C75,C84,D3
Chr3:61503375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B15,C34,D10
Chr3:61503446 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 5 B112,B34,B72,C12,C66
Chr3:61503446 A AC 1bp_insertion CDS_variant 5 B112,B34,B72,C12,C66
Chr3:61503448 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B112,B34,B72,C12,C66
Chr3:61503448 TA T 1bp_deletion CDS_variant 5 B112,B34,B72,C12,C66
Chr3:61503489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr3:61503527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,D7
Chr3:61503543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803762.1
310 aa
N
1
155
310
LRRNT_2
LRR_4
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF12799 LRR_4 121-161 aa PF13855 LRR_8 139-180 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-215 aa PF13855 LRR_8 246-301 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803762.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 4.2e-06 27.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803762.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 121 161 1.7e-21 76.5 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057803762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 139 180 1.4e-23 83.1 Leucine rich repeat
XP_057803762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 1.4e-23 83.1 Leucine rich repeat
XP_057803762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 3.8e-28 92.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 3.8e-28 92.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 215 3.8e-28 92.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803762.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 246 301 1.4e-23 83.1 Leucine rich repeat
XP_057803762.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 3.8e-28 92.2 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947779.1
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCATCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCAAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019097
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCATCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCAAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803762.1
MEKKLYCILLYAFLITITFPMLSSEAKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCSWIGITCSFRHHRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTNNLFHDNLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNRFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTYNSLSGEIPKELGRLQSLQTLHIEYNHLSGAIPSAIFNMSTLVTIALTGNELSGSLPTDMCSNLPFLAGIYLSVNQLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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