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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004363

染色体: Chr03 坐标: 61852494-61856131 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004363
名称SmilChr03G004363
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61852494 - 61856131 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019111
GeneID131019111
locus_tag-
NCBI NameLOC131019111
原始查询LOC131019111

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.2; qcov=1.09; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019111

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803777.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803777.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803777.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803777.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803777.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61852496 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 A18
Chr3:61852496 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 1 A18
Chr3:61852533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr3:61852547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B5,B79,C70
Chr3:61852557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B79
Chr3:61852561 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C8
Chr3:61852561 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C8
Chr3:61852577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B2,C25,D10
Chr3:61852614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C8
Chr3:61852708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr3:61852713 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B63
Chr3:61852713 C CGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803777.1
1131 aa
N
1
566
1131
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 35-70 aa PF23598 LRR_14 71-179 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF00560 LRR_1 171-192 aa PF13855 LRR_8 224-279 aa PF00560 LRR_1 244-266 aa PF00560 LRR_1 268-290 aa PF13855 LRR_8 341-399 aa PF00560 LRR_1 342-363 aa PF00560 LRR_1 365-386 aa PF13855 LRR_8 413-473 aa PF00560 LRR_1 414-436 aa PF00560 LRR_1 438-460 aa PF00560 LRR_1 490-512 aa PF00560 LRR_1 515-537 aa PF13855 LRR_8 538-598 aa PF00560 LRR_1 564-585 aa PF00560 LRR_1 636-657 aa PF00560 LRR_1 683-705 aa PF13855 LRR_8 683-742 aa PF00560 LRR_1 707-728 aa PF00069 Pkinase 851-1119 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 853-1122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803777.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 35 70 1.8e-05 25.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803777.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 71 179 3.6e-49 168.1 Leucine-rich repeat region
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 192 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 224 279 9.6e-53 176.5 Leucine rich repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 244 266 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 268 290 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 341 399 9.6e-53 176.5 Leucine rich repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 342 363 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 386 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 413 473 9.6e-53 176.5 Leucine rich repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 414 436 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 438 460 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 490 512 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 515 537 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 538 598 9.6e-53 176.5 Leucine rich repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 564 585 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 636 657 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 683 705 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 683 742 9.6e-53 176.5 Leucine rich repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 707 728 1.2e-54 171.1 Leucine Rich Repeat
XP_057803777.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 851 1119 1.1e-39 137.1 Protein kinase domain
XP_057803777.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 853 1122 5.2e-39 134.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947794.1
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTGCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCATCACTTGCAGTTTGCGCCACCCAAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019111
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCCTTATGCATTGCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCATCACTTGCAGTTTGCGCCACCCAAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803777.1
MEKKLYCILPYALLITITFPMLSSEAKAKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGITCSLRHPRVAALNLSNMALSATIPPQLGRLSFLVSLDLSNNLFHGDLPQQLSLLRRLKFLSFRLNNFTGDIPKSLSNLTNLQFLELTYNSLSGEIPKELGRLQSLQTLSVQFNRLSGAIPSAIFNISTLLVIALGDNELSGSLPTEMCCNLPFLAGIYVSSNQLSGAIPTNLSQCSRLEVLSLSYNSFSGEIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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