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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004372

染色体: Chr03 坐标: 61917489-61921201 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004372
名称SmilChr03G004372
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61917489 - 61921201 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019116
GeneID131019116
locus_tag-
NCBI NameLOC131019116
原始查询LOC131019116

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.2; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019116

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803782.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803782.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803782.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803782.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803782.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61917653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:61917833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:61917842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:61917924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr3:61917976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr3:61917977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr3:61917978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr3:61918012 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C1
Chr3:61918012 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 C1
Chr3:61918201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A15,B18,B30
Chr3:61918234 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 7 B119,B122,B24,B4,C27,C63,C79
Chr3:61918236 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A15,A18,A20,A22,A24,A25,A6,B101,B105,B106,B110,B111,B112,B130,B135,B136,B18,B20,B28,B30,B33,B46,B65,B66,B71,B74,C39,C51,C58,C6,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803782.1
1153 aa
N
1
576
1153
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF00560 LRR_1 98-117 aa PF13855 LRR_8 128-180 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF23598 LRR_14 162-273 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF13855 LRR_8 193-253 aa PF00560 LRR_1 243-264 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF13855 LRR_8 435-495 aa PF00560 LRR_1 436-458 aa PF00560 LRR_1 460-482 aa PF00560 LRR_1 512-534 aa PF00560 LRR_1 729-751 aa PF00069 Pkinase 873-1141 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 875-1144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803782.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 1.9e-05 25.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 117 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 128 180 3.6e-48 161.9 Leucine rich repeat
XP_057803782.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 3.6e-48 161.9 Leucine rich repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 162 273 8.3e-44 150.5 Leucine-rich repeat region
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 193 253 3.6e-48 161.9 Leucine rich repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 243 264 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 435 495 3.6e-48 161.9 Leucine rich repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 436 458 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 460 482 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 512 534 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 751 3.5e-56 175.7 Leucine Rich Repeat
XP_057803782.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 873 1141 1.5e-37 130.1 Protein kinase domain
XP_057803782.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 875 1144 1.3e-37 130.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947799.1
ATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTTGCGTATGCATTCCTAATCACCATAAACTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCATCTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTTTCTGCGTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019116
ATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTTGCGTATGCATTCCTAATCACCATAAACTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCATCTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTTTCTGCGTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803782.1
MEKNLSCIFAYAFLITINFPMLSSEAKQPMSLATDQTALLSLKHTSLLLASNWTNSTSVCTWIGVTCSLRHHRVSALNLSNMALSGTIPPQLGNLSFLVSLDLSNNHFYGDLPHQLSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMFGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLRSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLYVQFNRLSGAIPSAIFNISTLVVIALRDNELSGSLPTDICSNLPFLTMLSLSQNQLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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