Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004375`

染色体: Chr03 坐标: 61963128-61963894 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004375`
名称	SmilChr03G004375
描述	replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61963128 - 61963894 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019118`
GeneID	`131019118`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019118`
原始查询	`LOC131019118`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
产物	replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D-like
Arabidopsis	`AT5G61000` (RPA70D) Replication factor-A protein 1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836221] identity=32.9; qcov=0.514; evalue=8.58e-08; confidence=low
Rice	`Os03g0214100` (OsRPA1) - identity=32; qcov=0.507; evalue=9.35e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019118

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803785.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057803785.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057803785.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803785.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803785.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61963175`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B73,B90,C27,D5
`Chr3:61963185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B73,B90,C27,D5
`Chr3:61963209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr3:61963221`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B121
`Chr3:61963226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,D10
`Chr3:61963252`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B125,B25,B71,B73,B90,C14,C27,C62,C73,D5
`Chr3:61963450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B127,B140,B24,B69,C40,C74
`Chr3:61963463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B84
`Chr3:61963469`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B124,C32
`Chr3:61963469`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B124,C32
`Chr3:61963479`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B117,B124,B84,C32
`Chr3:61963479`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B117,B124,B84,C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947802.1
ATGGTACCAATGAAAACAACATCGGGTGCACATTCAAAAACTGTGAGAGACATAACTATCGTAAACAAAGAGAATCAATTTATGGAAATCAGTCTTTGGGAAGATATGGCCATAAATGAAGGAGATAAGCTACAAAAAGTTTTAGAGCAAAATCCAATTATTGTCATCACAAATGTCGCTGCAAAAAAGTTTTTAGGTGCTTTGCAATTGCAAAGTACAGTGAGATCCGTATTACAAACTTCACCAGAATGTCCAGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019118
ATGGTACCAATGAAAACAACATCGGGTGCACATTCAAAAACTGTGAGAGACATAACTATCGTAAACAAAGAGAATCAATTTATGGAAATCAGTCTTTGGGAAGATATGGCCATAAATGAAGGAGATAAGCTACAAAAAGTTTTAGAGCAAAATCCAATTATTGTCATCACAAATGTCGCTGCAAAAAAGTTTTTAGGTGCTTTGCAATTGCAAAGTACAGTGAGATCCGTATTACAAACTTCACCAGAATGTCCAGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803785.1
MVPMKTTSGAHSKTVRDITIVNKENQFMEISLWEDMAINEGDKLQKVLEQNPIIVITNVAAKKFLGALQLQSTVRSVLQTSPECPEIKHMEQRSYETYDPLRITTSKMIQKMTNAKEVMLKDLKENQHMLVKVLHNKLNMHSLFSFAE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器