Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004379

染色体: Chr03 坐标: 62005110-62006938 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004379
名称SmilChr03G004379
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62005110 - 62006938 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019120
GeneID131019120
locus_tag-
NCBI NameLOC131019120
原始查询LOC131019120

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT5G20480 (EFR)
EF-TU receptor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832170]
identity=33.1; qcov=1.07; evalue=9.64e-64; confidence=low
RiceOs11g0490200
-
identity=36.5; qcov=1; evalue=1.17e-72; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803787.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803787.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803787.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803787.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803787.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62005131 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr3:62005131 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 D7
Chr3:62005148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B38,C23,C35,C62
Chr3:62005180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B119,C62
Chr3:62005207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr3:62005227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B97,C54,C86
Chr3:62005301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr3:62005306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr3:62005413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B81
Chr3:62005467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B14
Chr3:62005471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr3:62005490 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 16 A3,B1,B101,B103,B106,B117,B122,B28,B33,B64,B90,C43,C46,C69,C76,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803787.1
451 aa
N
1
226
451
LRRNT_2
LRR_4
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF12799 LRR_4 144-180 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF23598 LRR_14 162-274 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF23598 LRR_14 239-369 aa PF00560 LRR_1 243-264 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803787.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 6.2e-06 27.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803787.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 144 180 2e-25 88.9 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057803787.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.3e-33 108.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803787.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 162 274 2.9e-29 102.6 Leucine-rich repeat region
XP_057803787.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1.3e-33 108.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803787.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 1.3e-33 108.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803787.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 239 369 2.9e-29 102.6 Leucine-rich repeat region
XP_057803787.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 243 264 1.3e-33 108.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803787.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 1.3e-33 108.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803787.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 1.3e-33 108.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803787.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 1.3e-33 108.4 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947804.1
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATATTTGCTTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTTGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019120
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATATTTGCTTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTTGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803787.1
MEKKLYCIFAYAFLITITFQMLSSEAKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGRLSFLVSLDLTNNLFYGDLPHQLSLLRRLKFISFRLNHFTGDIPPMLGQLPKLEHLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVQFNRLSGAIPSAIFNISTLVVIALRDNELSGSPPTDMCRNLPFLTVLGLSFNKLSGAIPKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器