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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004395

染色体: Chr03 坐标: 62147601-62151319 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004395
名称SmilChr03G004395
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62147601 - 62151319 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019129
GeneID131019129
locus_tag-
NCBI NameLOC131019129
原始查询LOC131019129

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.5; qcov=1.1; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39; qcov=1.04; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803798.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803798.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803798.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803798.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803798.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62147616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,C1,C10,C74
Chr3:62147622 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B65,C1,C8
Chr3:62147622 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B65,C1,C8
Chr3:62147629 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B65,C1,C8
Chr3:62147629 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 B65,C1,C8
Chr3:62147731 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B27
Chr3:62147731 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B27
Chr3:62147747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,C5,C66
Chr3:62147780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B59,C16
Chr3:62147789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:62147798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C66
Chr3:62147800 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 C16,C7,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803798.1
1115 aa
N
1
558
1115
LRRNT_2
LRR_1
LRR_4
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF00560 LRR_1 103-122 aa PF12799 LRR_4 126-166 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF23598 LRR_14 167-280 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 198-219 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF00560 LRR_1 326-347 aa PF13855 LRR_8 326-384 aa PF00560 LRR_1 349-370 aa PF00560 LRR_1 399-420 aa PF00560 LRR_1 548-569 aa PF00560 LRR_1 571-592 aa PF00560 LRR_1 667-689 aa PF00560 LRR_1 691-711 aa PF00069 Pkinase 835-1103 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 837-1106 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803798.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 2.5e-09 38.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 103 122 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 126 166 4e-32 110.2 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 167 280 1e-42 146.9 Leucine-rich repeat region
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 219 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 326 347 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 326 384 2.3e-39 133.7 Leucine rich repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 349 370 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 399 420 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 548 569 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 571 592 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 667 689 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 691 711 1.9e-49 155.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803798.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 835 1103 1.1e-38 133.9 Protein kinase domain
XP_057803798.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 837 1106 7.9e-39 134.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947815.1
ATGGACAAAAAGCTTCATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTCGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019129
ATGGACAAAAAGCTTCATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTCGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803798.1
MDKKLHCIFAYAFLITITFPMLSSESKQPLSLATDQTALLSLKQHITSDPSLLLATNWTNSSSVCTWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMALSSTIPPQLGHLSFLVSLDLSNNHFYGDLPHQLSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNNFIGSIPKSLSNLTNLRFLSLSFNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLYVENNHLSGAIPSAIFNISTLVTIGLTGNELSGSLPTDMCRNLPFLTVLGLSLNQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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