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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004396

染色体: Chr03 坐标: 62155146-62159512 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004396
名称SmilChr03G004396
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62155146 - 62159512 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019130
GeneID131019130
locus_tag-
NCBI NameLOC131019130
原始查询LOC131019130

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.9; qcov=1.09; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803799.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803799.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803799.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803799.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803799.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62155184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr3:62155190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,C79
Chr3:62155322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,C22,C35
Chr3:62155338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B17,B54,C14
Chr3:62155358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B53,C17,C53,C58
Chr3:62155401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr3:62155410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:62155442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr3:62155448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C84
Chr3:62155451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr3:62155514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr3:62155517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803799.1
1123 aa
N
1
562
1123
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF00560 LRR_1 98-117 aa PF13855 LRR_8 130-180 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF23598 LRR_14 162-275 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF13855 LRR_8 193-253 aa PF13855 LRR_8 241-301 aa PF00560 LRR_1 243-264 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF00560 LRR_1 358-378 aa PF00560 LRR_1 579-600 aa PF13855 LRR_8 675-734 aa PF00560 LRR_1 699-720 aa PF00069 Pkinase 843-1111 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 845-1114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803799.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 4.6e-06 27.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 117 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 130 180 1.2e-40 137.8 Leucine rich repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 162 275 1.4e-41 143.2 Leucine-rich repeat region
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 193 253 1.2e-40 137.8 Leucine rich repeat
XP_057803799.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 241 301 1.2e-40 137.8 Leucine rich repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 243 264 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 358 378 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 579 600 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 675 734 1.2e-40 137.8 Leucine rich repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 699 720 2.4e-48 152.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803799.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 843 1111 4.4e-39 135.2 Protein kinase domain
XP_057803799.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 845 1114 1.4e-39 136.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947816.1
ATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGTCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTATCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019130
ATGGACAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGTCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTATCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803799.1
MDKKLYCILQYAFLITITFPMLSSEAKQPMSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHHRVSALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNHFNGDLPHQLSLLRRLKFISFRLNNFTGDISPMFGQLPKLEYLNLSNNSFIGSIPKTLSNLTNLQFLDLNSNSLSGEIPKELGRLQSLKTLYVQSNHLTGAIPSAIFNISTLVSMAFTDNELSGSLPTDMCRNLPTLTVLSLSDNQLSGTIPSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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