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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004484

染色体: Chr03 坐标: 62951952-62956422 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004484
名称SmilChr03G004484
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62951952 - 62956422 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019148
GeneID131019148
locus_tag-
NCBI NameLOC131019148
原始查询LOC131019148

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.5; qcov=1.07; evalue=3.39e-173; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.2; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019148

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803817.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803817.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803817.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803817.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803817.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62953210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B18,C46,C5
Chr3:62953224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:62953237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C29
Chr3:62953246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B63
Chr3:62953251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:62953260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,C19,C29
Chr3:62953269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,C38,D10,D2,D4
Chr3:62953292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr3:62953305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B48,B49,B67,B83
Chr3:62953390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:62953393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:62953396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803817.1
1053 aa
N
1
526
1053
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 34-68 aa PF00560 LRR_1 98-117 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 290-312 aa PF13855 LRR_8 364-422 aa PF00560 LRR_1 365-385 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF00560 LRR_1 437-458 aa PF13855 LRR_8 437-495 aa PF00560 LRR_1 460-482 aa PF00560 LRR_1 512-534 aa PF23598 LRR_14 538-666 aa PF13855 LRR_8 561-620 aa PF00560 LRR_1 586-607 aa PF00560 LRR_1 609-630 aa PF00560 LRR_1 705-727 aa PF00560 LRR_1 729-750 aa PF00069 Pkinase 873-1040 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 876-1040 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803817.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 34 68 0.00029 21.8 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 117 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 2.2e-53 178.6 Leucine rich repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 290 312 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 364 422 2.2e-53 178.6 Leucine rich repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 385 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 458 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 437 495 2.2e-53 178.6 Leucine rich repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 460 482 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 512 534 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 538 666 9.4e-54 183.2 Leucine-rich repeat region
XP_057803817.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 561 620 2.2e-53 178.6 Leucine rich repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 586 607 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 609 630 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 705 727 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 750 2.6e-65 202.9 Leucine Rich Repeat
XP_057803817.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 873 1040 2.7e-30 106.4 Protein kinase domain
XP_057803817.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 876 1040 3.1e-27 96.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947834.1
ATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019148
ATGGAGAAAAACCTTTCTTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803817.1
MEKNLSCILLYAFLITITFPMLSSESKQPLSLATDQTSLLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNHFYGDLPHQLSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLSLSSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVQSNHLSGAIPSAIFNISTLVSMAFTYNELSGSLPTDMCSNLPFLAGIRLSDNQLSGAIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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