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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004487

染色体: Chr03 坐标: 62980534-62983570 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004487
名称SmilChr03G004487
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62980534 - 62983570 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019151
GeneID131019151
locus_tag-
NCBI NameLOC131019151
原始查询LOC131019151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=39.4; qcov=0.857; evalue=1.83e-160; confidence=medium
RiceOs06g0585982
-
identity=38.7; qcov=0.975; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803819.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803819.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803819.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803819.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62980711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B129,B28,B83,C71
Chr3:62981092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr3:62981185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr3:62981203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B43
Chr3:62981206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr3:62981214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B21
Chr3:62981221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr3:62981272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,C8
Chr3:62981324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:62981492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,C23,C62
Chr3:62981497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B73,C52
Chr3:62981509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B66,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803819.1
962 aa
N
1
481
962
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 63-123 aa PF00560 LRR_1 64-86 aa PF00560 LRR_1 88-110 aa PF00560 LRR_1 112-133 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 198-220 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF13855 LRR_8 271-330 aa PF00560 LRR_1 295-316 aa PF00560 LRR_1 345-366 aa PF13855 LRR_8 345-403 aa PF00560 LRR_1 368-390 aa PF00560 LRR_1 420-442 aa PF00560 LRR_1 445-467 aa PF13855 LRR_8 468-528 aa PF00560 LRR_1 494-515 aa PF00560 LRR_1 517-538 aa PF00560 LRR_1 541-563 aa PF00560 LRR_1 566-587 aa PF00560 LRR_1 613-635 aa PF13855 LRR_8 613-672 aa PF00560 LRR_1 637-658 aa PF00069 Pkinase 782-950 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 784-941 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803819.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 63 123 1.3e-54 182.5 Leucine rich repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 64 86 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 88 110 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 112 133 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 220 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 271 330 1.3e-54 182.5 Leucine rich repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 316 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 345 366 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 345 403 1.3e-54 182.5 Leucine rich repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 368 390 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 420 442 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 445 467 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 468 528 1.3e-54 182.5 Leucine rich repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 494 515 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 517 538 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 541 563 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 566 587 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 613 635 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 613 672 1.3e-54 182.5 Leucine rich repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 637 658 9.7e-62 192.2 Leucine Rich Repeat
XP_057803819.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 782 950 1e-30 107.8 Protein kinase domain
XP_057803819.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 784 941 4.8e-27 95.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947836.1
ATGGCTCTCTCCGCCACCATTCCACCGCAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCACCAACAACCTCTTCCATGGAGATTTCCCACACCAACTGTCTCTCCTTCGCCGTTTGAAGTTCATATCTCTCCGACTCAACAACTTCACCGGAGACATCCCTCCCATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTACGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAATCTCTCTCAAACCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019151
ATGGCTCTCTCCGCCACCATTCCACCGCAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCACCAACAACCTCTTCCATGGAGATTTCCCACACCAACTGTCTCTCCTTCGCCGTTTGAAGTTCATATCTCTCCGACTCAACAACTTCACCGGAGACATCCCTCCCATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTACGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAATCTCTCTCAAACCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803819.1
MALSATIPPQLGHLSFLVSLDLTNNLFHGDFPHQLSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTYNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVQFNHLSGAIPSAIFNISTLVAMAFTHNELSGSLTTDMCHNLPFLTVISTNVSQCSRLEVLALSYNSFSGEIPSEIGYLTSLQILYIGGNKLNGILPHEIGHLQSLVKFGAEWNEIAGSIDFNIFMNMSSLQNIYLNRNKFTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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