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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004495

染色体: Chr03 坐标: 63060649-63064848 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004495
名称SmilChr03G004495
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63060649 - 63064848 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019158
GeneID131019158
locus_tag-
NCBI NameLOC131019158
原始查询LOC131019158

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.9; qcov=1.08; evalue=1.51e-166; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=37.5; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803827.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803827.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803827.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803827.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803827.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63061550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr3:63061583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:63061732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B2,C20,C25
Chr3:63061761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B92
Chr3:63061768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr3:63061926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr3:63061939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B90
Chr3:63061948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:63061962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:63061986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,C4,C72,D8
Chr3:63062053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C72,D8
Chr3:63062089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803827.1
1045 aa
N
1
522
1045
LRRNT_2
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF13855 LRR_8 120-180 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF00560 LRR_1 266-287 aa PF00560 LRR_1 355-376 aa PF13855 LRR_8 355-413 aa PF00560 LRR_1 378-399 aa PF00560 LRR_1 428-449 aa PF13855 LRR_8 428-486 aa PF00560 LRR_1 451-473 aa PF00560 LRR_1 503-525 aa PF00560 LRR_1 528-550 aa PF13855 LRR_8 551-611 aa PF00560 LRR_1 577-598 aa PF00560 LRR_1 600-621 aa PF13855 LRR_8 600-659 aa PF00560 LRR_1 624-646 aa PF00560 LRR_1 649-670 aa PF00560 LRR_1 720-741 aa PF00069 Pkinase 865-1033 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 867-1024 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803827.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 7.4e-06 26.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 120 180 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057803827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 287 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 355 376 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 355 413 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 378 399 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 428 449 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 428 486 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 451 473 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 503 525 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 528 550 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 551 611 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 577 598 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 600 621 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 600 659 3.4e-49 165.2 Leucine rich repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 624 646 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 649 670 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 720 741 3.7e-59 184.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803827.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 865 1033 1.2e-30 107.6 Protein kinase domain
XP_057803827.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 867 1024 5.3e-27 95.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947844.1
ATGGAGATAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019158
ATGGAGATAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803827.1
MEIKLYCILQYAFLITITFPMLSSESKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSTTIPPQLGRLSFLVSLDLRNNLFHGDLPQQLSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTYNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVQFNHLSGAIPSAIFNISTLVAMAFTHNELSGSLTTDMCHNLPFLTVIGLSENQLSGAISTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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