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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004504

染色体: Chr03 坐标: 63150076-63153076 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004504
名称SmilChr03G004504
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63150076 - 63153076 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019165
GeneID131019165
locus_tag-
NCBI NameLOC131019165
原始查询LOC131019165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=36.1; qcov=1; evalue=4.43e-179; confidence=medium
RiceOs01g0153000
-
identity=35.7; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019165

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803834.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803834.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803834.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803834.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803834.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63150080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:63150196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B55,B66,B73,C67
Chr3:63150214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B55,B66,B73,C67
Chr3:63150363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C87
Chr3:63150429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:63150454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:63150541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr3:63150544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr3:63150570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C71
Chr3:63150616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B73,B85,B91,C63
Chr3:63150631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr3:63150638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B73,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803834.1
950 aa
N
1
475
950
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 31-53 aa PF00560 LRR_1 55-77 aa PF00560 LRR_1 129-150 aa PF13855 LRR_8 131-187 aa PF00560 LRR_1 152-173 aa PF00560 LRR_1 225-247 aa PF00560 LRR_1 279-299 aa PF00560 LRR_1 302-324 aa PF00560 LRR_1 424-444 aa PF00560 LRR_1 470-492 aa PF00560 LRR_1 494-516 aa PF00069 Pkinase 638-808 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 641-790 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 31 53 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 55 77 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 129 150 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 131 187 1.4e-32 111.9 Leucine rich repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 152 173 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 225 247 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 279 299 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 302 324 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 424 444 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 470 492 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 494 516 2.7e-43 137.3 Leucine Rich Repeat
XP_057803834.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 638 808 2.9e-33 116.1 Protein kinase domain
XP_057803834.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 641 790 3.2e-33 115.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947851.1
ATGTGCCGTAATCTTCCATTTCTTGCTGGGATTTATCTTTCTTACAATCAGCTGAGTGGCGCGATTCCCACAAATCTATCCCAATGTTTACGGCTTGAGGTGTTGGGCCTCTCTTACAACTCTTTTAGTGGGGAGATACCTTCTGAAATCGGCTACTTAACATCTCTTCAGAATTTAGCTCTTGGTGGTAACAATTTGAATGGAATACTACCACATGAGATTGGTCATCTTCAGAGTATGGTTACTTTTTCTGTTCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019165
ATGTGCCGTAATCTTCCATTTCTTGCTGGGATTTATCTTTCTTACAATCAGCTGAGTGGCGCGATTCCCACAAATCTATCCCAATGTTTACGGCTTGAGGTGTTGGGCCTCTCTTACAACTCTTTTAGTGGGGAGATACCTTCTGAAATCGGCTACTTAACATCTCTTCAGAATTTAGCTCTTGGTGGTAACAATTTGAATGGAATACTACCACATGAGATTGGTCATCTTCAGAGTATGGTTACTTTTTCTGTTCAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803834.1
MCRNLPFLAGIYLSYNQLSGAIPTNLSQCLRLEVLGLSYNSFSGEIPSEIGYLTSLQNLALGGNNLNGILPHEIGHLQSMVTFSVQDNKIAGSIDFNIFMNMSSLQNIYLHRNKFTGNLTRDVVNITMLIELELDENHFTGLIPTEFGQLYHLETLDLSLNSLSGSIPHELFNISTLRILSLLGNALSGVLPTHLCHASPFLEEIYLGVNSISGAIPNSISNCSQLTILSLFENKFSGYIPTHLGNLRLLQILELNNNNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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