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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004513

染色体: Chr03 坐标: 63193169-63197410 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004513
名称SmilChr03G004513
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63193169 - 63197410 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019168
GeneID131019168
locus_tag-
NCBI NameLOC131019168
原始查询LOC131019168

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.6; qcov=1.05; evalue=2.8e-138; confidence=low
RiceOs11g0694600
-
identity=34.9; qcov=0.988; evalue=4.48e-143; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019168

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803837.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803837.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803837.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803837.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803837.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63194583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr3:63194595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr3:63194644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B46,B48
Chr3:63194726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr3:63194727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B92
Chr3:63194742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:63194758 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 30 A19,A9,B114,B118,B120,B137,B140,B21,B23,B27,B38,B4,B54,B57,B59,B69,B71,B80,C19,C28,C34,C4,C52,C53,C59,C63,C65,C81,C83,C86
Chr3:63194759 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 32 A19,A9,B114,B118,B120,B13,B137,B140,B21,B23,B27,B38,B4,B54,B55,B57,B59,B69,B71,B80,C19,C28,C34,C4,C52,C53,C59,C63,C65,C81,C83,C86
Chr3:63194761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:63194766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr3:63194785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr3:63194802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,B60,C23,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803837.1
899 aa
N
1
450
899
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 15-50 aa PF00560 LRR_1 127-149 aa PF00560 LRR_1 151-173 aa PF00560 LRR_1 175-196 aa PF13855 LRR_8 228-283 aa PF23598 LRR_14 241-351 aa PF00560 LRR_1 248-270 aa PF00560 LRR_1 272-294 aa PF00560 LRR_1 346-367 aa PF13855 LRR_8 346-404 aa PF13855 LRR_8 417-477 aa PF00560 LRR_1 418-440 aa PF00560 LRR_1 442-464 aa PF00560 LRR_1 494-516 aa PF00560 LRR_1 545-565 aa PF00560 LRR_1 568-589 aa PF00560 LRR_1 591-612 aa PF00560 LRR_1 640-661 aa PF13855 LRR_8 687-746 aa PF00560 LRR_1 711-732 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803837.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 15 50 8.4e-06 26.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 127 149 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 151 173 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 175 196 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 228 283 3.8e-50 168.2 Leucine rich repeat
XP_057803837.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 241 351 2.7e-51 175.1 Leucine-rich repeat region
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 248 270 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 272 294 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 346 367 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 346 404 3.8e-50 168.2 Leucine rich repeat
XP_057803837.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 417 477 3.8e-50 168.2 Leucine rich repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 418 440 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 442 464 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 494 516 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 545 565 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 568 589 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 591 612 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 640 661 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat
XP_057803837.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 687 746 3.8e-50 168.2 Leucine rich repeat
XP_057803837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 711 732 6.8e-64 198.6 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947854.1
ATGCTTTCTTCTGAAGCCAAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACAGCCCTTCTTTCACTCAAACATATATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTTGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCACCATTCCTCCACAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCGCTCGACCTCTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019168
ATGCTTTCTTCTGAAGCCAAATCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACAGCCCTTCTTTCACTCAAACATATATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTTGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCACCATTCCTCCACAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCGCTCGACCTCTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803837.1
MLSSEAKSKQPLSLATDQTALLSLKHISLLLATNWTNSTSVCSWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGDLPHQLSLLRRLKFISFQLNNFTGDIPPILGQLPKLEHLNLSSNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVQFNRLSGAIPSAIFNISTLVVIALRNNELSGSLPTDMCSNLPFLAGIYLSNNQLSGAIPTNLSQCSRLEYLSLSYNSLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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