Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000537`

染色体: Chr01 坐标: 11056474-11057265 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000537`
名称	SmilChr01G000537
描述	uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	11056474 - 11057265 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019184`
GeneID	`131019184`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019184`
原始查询	`LOC131019184`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]; symbol=AT5G27260; hit=AT5G27260; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]; symbol=AT5G27260; hit=AT5G27260; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G27260` (AT5G27260) Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784] identity=31.8; qcov=1.01; evalue=6.13e-22; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF24769 (At2g29880_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803858.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803858.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803858.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803858.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057803858.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:11056499`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A4,B103,B22,B23,B24,B3,B60,B79,C19,C35,C45
`Chr1:11056566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr1:11056616`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C71
`Chr1:11056649`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B125,B138,B56,B82,B90,B92,C39,D3
`Chr1:11056664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B114,B80,B98,C14
`Chr1:11056685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:11056711`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
`Chr1:11056782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D10
`Chr1:11056782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:11056803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:11056815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
`Chr1:11056839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803858.1

230 aa

115

230

At2g29880_C

PF24769 At2g29880_C 182-227 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803858.1`	Pfam	`PF24769`	At2g29880_C	Domain	182	227	1.1e-20	74.5	At2g29880 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947875.1
ATGAAGTTTAACTCTGGTTTTGGATATGACAACAATACCAAAAAGTTCACGGCTCCTGATGAAGTATGGGATAAGTACTGCCAGGCATACTTGCGCCAAGGGAATTGTCCGGATTATTATGACTTGGGAATTGCTGTTGGAAATGGTGTGGCAGTAGGAAAAAATTCAATTGGATTGAGTAGTGCTACTGATGTGAGGACATTAGGAGTTGATGAAAATAGAGCTCCGCACATAGAAGACTTGGATTATGATGCTGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019184
ATGAAGTTTAACTCTGGTTTTGGATATGACAACAATACCAAAAAGTTCACGGCTCCTGATGAAGTATGGGATAAGTACTGCCAGGCATACTTGCGCCAAGGGAATTGTCCGGATTATTATGACTTGGGAATTGCTGTTGGAAATGGTGTGGCAGTAGGAAAAAATTCAATTGGATTGAGTAGTGCTACTGATGTGAGGACATTAGGAGTTGATGAAAATAGAGCTCCGCACATAGAAGACTTGGATTATGATGCTGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803858.1
MKFNSGFGYDNNTKKFTAPDEVWDKYCQAYLRQGNCPDYYDLGIAVGNGVAVGKNSIGLSSATDVRTLGVDENRAPHIEDLDYDAENEAFVGLAQDDPPSSGSKSPLVFPEVSEVSTQRRAVAKRSRAQFDINFGYTENSSHHDFMSEVKKITNTFDGVHSLLEKRETMLEKRQRERSYTTWDAIKEILNLDDDVRMKAFDLLDTKTKKYGFLKMTVAERARWIAFKIKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器