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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001656

染色体: Chr03 坐标: 21519312-21524210 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001656
名称SmilChr03G001656
描述ankyrin repeat-containing protein BDA1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向21519312 - 21524210 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019193
GeneID131019193
locus_tag-
NCBI NameLOC131019193
原始查询LOC131019193

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein BDA1-like
产物ankyrin repeat-containing protein BDA1-like
ArabidopsisAT4G10720 (AT4G10720)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826666]
identity=33.2; qcov=0.775; evalue=2.36e-53; confidence=low
RiceOs02g0735700
-
identity=26; qcov=0.552; evalue=1.12e-15; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803851.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803851.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803851.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803851.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803851.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:21519685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr3:21519776 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 86 A11,A14,A20,A23,A25,A5,B103,B104,B111,B113,B118,B12,B121,B124,B125,B126,B13,B130,B139,B15,B17,B21,B24,B27,B32,B33,B34,B35,B36,B40,B47,B49,B54,B55,B59,B63,B7,B73,B77,B78,B79,B81,B84,B87,B9,B90,B92,B93,B97,B98,C17,C19,C28,C29,C30,C33,C35,C37,C5,C53,C55,C58,C60,C61,C64,C65,C66,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C80,C83,C84,C85,C9,D10,D11,D3,D4,D8,D9
Chr3:21519780 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 86 A11,A14,A20,A23,A25,A5,B103,B104,B111,B113,B118,B12,B121,B124,B125,B126,B13,B130,B139,B15,B17,B21,B24,B27,B32,B33,B34,B35,B36,B40,B47,B49,B54,B55,B59,B63,B7,B73,B77,B78,B79,B81,B84,B87,B9,B90,B92,B93,B97,B98,C17,C19,C28,C29,C30,C33,C35,C37,C5,C53,C55,C58,C60,C61,C64,C65,C66,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C80,C83,C84,C85,C9,D10,D11,D3,D4,D8,D9
Chr3:21519820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B38,B39,B73,C86
Chr3:21519874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B73,C86
Chr3:21519925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B38,B39,B73,C86
Chr3:21519946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B9
Chr3:21519955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C29
Chr3:21520030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B9
Chr3:21520054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A24,B46,D3
Chr3:21520083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B110,B52
Chr3:21520095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B38,B39,B73,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803851.1
529 aa
N
1
264
529
PGG
C
PF13962 PGG 328-438 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803851.1 Pfam PF13962 PGG Domain 328 438 1.3e-14 54.7 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947868.1
TATTCTACAAAATGGTACGTGTGCCTTGCTTTGCTTCATCACGTCCATGCGCATGCGCTAAAACAAAAAAATTAATGTCTGAGTGCCACTGTGAGATGGCGGAGCTAACGGCGCCGGTAAAGATATGCGAGTGCGACTGCGACTGCGACTGCCGGTGCTGCATCGACCAGCTGTACTCCACCATCGCCCGCGAGCCGAAATGGCTGCAGGATATGGACAAGATCCAATTCTTCCAGACTCCGCTGCACGAGGCGGCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019193
ATGGTACGTGTGCCTTGCTTTGCTTCATCACGTCCATGCGCATGCGCTAAAACAAAAAAATTAATGTCTGAGTGCCACTGTGAGATGGCGGAGCTAACGGCGCCGGTAAAGATATGCGAGTGCGACTGCGACTGCGACTGCCGGTGCTGCATCGACCAGCTGTACTCCACCATCGCCCGCGAGCCGAAATGGCTGCAGGATATGGACAAGATCCAATTCTTCCAGACTCCGCTGCACGAGGCGGCGGCGGCGGGCAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803851.1
MVRVPCFASSRPCACAKTKKLMSECHCEMAELTAPVKICECDCDCDCRCCIDQLYSTIAREPKWLQDMDKIQFFQTPLHEAAAAGNTTLTMEIMNLMPSLGKKLNPEGLSPLHVAVDKESFDTALALAKLDKALVRVKGKGGLTPLHFAAVAKPTYKEDELKLLVGLLAECPDAVLVLNNRGQSAVHLALENRNVKAAKLLVNWVVIVAKESHLSFKDASGNTTLHVAARYCDDKDLLKSLTNLVKVNKENKYGETALDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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