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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001620

染色体: Chr01 坐标: 30300687-30303143 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001620
名称SmilChr01G001620
描述uncharacterized SmilChr01G001620
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30300687 - 30303143 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019228
GeneID131019228
locus_tag-
NCBI NameLOC131019228
原始查询LOC131019228

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818200]; symbol=AT2G36290; hit=AT2G36290; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818200]; symbol=AT2G36290; hit=AT2G36290; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G36290 (AT2G36290)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818200]
identity=58.2; qcov=1; evalue=6.63e-144; confidence=high
RiceOs12g0152100
-
identity=57.8; qcov=0.959; evalue=7.87e-134; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057803859.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057803860.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803859.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803859.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803859.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30300981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:30301048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:30301113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B29,B35,C48
Chr1:30301327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30301374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:30301662 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 9 B102,B53,B54,B64,B97,C10,C52,C76,C80
Chr1:30301675 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 8 B102,B53,B54,B64,B97,C10,C52,C80
Chr1:30301687 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 8 B102,B53,B54,B64,B97,C10,C52,C80
Chr1:30301691 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 8 B102,B53,B54,B64,B97,C10,C52,C80
Chr1:30301748 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B53,B64,B97,C10,C52,C80
Chr1:30301751 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 6 B53,B64,B97,C10,C52,C80
Chr1:30301774 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 6 B53,B64,B97,C10,C52,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803859.1
357 aa
N
1
178
357
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 81-193 aa PF00561 Abhydrolase_1 82-337 aa PF12697 Abhydrolase_6 82-339 aa
XP_057803860.1
341 aa
N
1
170
341
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 65-177 aa PF00561 Abhydrolase_1 66-321 aa PF12697 Abhydrolase_6 66-323 aa
XP_057803861.1
341 aa
N
1
170
341
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 65-177 aa PF00561 Abhydrolase_1 66-321 aa PF12697 Abhydrolase_6 66-323 aa
XP_057803862.1
341 aa
N
1
170
341
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 65-177 aa PF00561 Abhydrolase_1 66-321 aa PF12697 Abhydrolase_6 66-323 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803859.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 81 193 1.9e-09 37.9 Serine aminopeptidase, S33
XP_057803859.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 82 337 4.9e-15 56.6 alpha/beta hydrolase fold
XP_057803859.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 82 339 4.1e-15 57.7 Alpha/beta hydrolase family
XP_057803860.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 65 177 1.6e-09 38.1 Serine aminopeptidase, S33
XP_057803860.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 66 321 4.3e-15 56.8 alpha/beta hydrolase fold
XP_057803860.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 66 323 3.6e-15 57.9 Alpha/beta hydrolase family
XP_057803861.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 65 177 1.6e-09 38.1 Serine aminopeptidase, S33
XP_057803861.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 66 321 4.3e-15 56.8 alpha/beta hydrolase fold
XP_057803861.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 66 323 3.6e-15 57.9 Alpha/beta hydrolase family
XP_057803862.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 65 177 1.6e-09 38.1 Serine aminopeptidase, S33
XP_057803862.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 66 321 4.3e-15 56.8 alpha/beta hydrolase fold
XP_057803862.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 66 323 3.6e-15 57.9 Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947877.1
AAATATGTTATACCAGTTTCTATTCTGACATCATTGTCGGAGCAGGCGTATCCACTCGGAAAAAACTATGTTTTGGAAAATTATAGCAGTGTTGTTGATCGCGTTTCTAGCATGGGCGTACCAAGCCTTGTGTCCTCCACCTCCTCGACTCTGTGGCTCTACCGGTGGCCCATCAGTCGAAGGGCCTAGAATCCGACTTAGAGATGGAAGACACTTAGCCTACATGGAGCATGGAGTCTCCAAAGAGACAGCTAACTATA...
XM_057947879.1
AACTTCAACTACCACTTCTTTACAAAACCGAAGTTTTCCTTTTTGTTTATTTTGCTTTTGATTAATTCATTCCTTCCTACTTTGATGACTTGAAAAATTGTGCATTAGCTGAAAGCAATCCATAAAGCTCACTGTATCTTAAAGCTATGTTTTGGAAAATTATAGCAGTGTTGTTGATCGCGTTTCTAGCATGGGCGTACCAAGCCTTGTGTCCTCCACCTCCTCGACTCTGTGGCTCTACCGGTGGCCCATCAGTCGAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131019228
ATGAAGATACAATTGATGAAGCTTTATTTTGATTTCAAGAAAATTGCTATGTTTTGGAAAATTATAGCAGTGTTGTTGATCGCGTTTCTAGCATGGGCGTACCAAGCCTTGTGTCCTCCACCTCCTCGACTCTGTGGCTCTACCGGTGGCCCATCAGTCGAAGGGCCTAGAATCCGACTTAGAGATGGAAGACACTTAGCCTACATGGAGCATGGAGTCTCCAAAGAGACAGCTAACTATAAGATCATTCTGGTTCATGG...
LOC131019228
ATGTTTTGGAAAATTATAGCAGTGTTGTTGATCGCGTTTCTAGCATGGGCGTACCAAGCCTTGTGTCCTCCACCTCCTCGACTCTGTGGCTCTACCGGTGGCCCATCAGTCGAAGGGCCTAGAATCCGACTTAGAGATGGAAGACACTTAGCCTACATGGAGCATGGAGTCTCCAAAGAGACAGCTAACTATAAGATCATTCTGGTTCATGGCTTTAGCTCTAATAAAAACGAGGCTCATATAGCTAGATCGGCGTTGGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057803859.1
MKIQLMKLYFDFKKIAMFWKIIAVLLIAFLAWAYQALCPPPPRLCGSTGGPSVEGPRIRLRDGRHLAYMEHGVSKETANYKIILVHGFSSNKNEAHIARSALVEKLGIYLVSFDRPGYGESDPDPKRTMESTALDIEELGDQLELGPKFYVIGNSMGGQVVWGCLKYIPHRLAGAALIAPVINYWWPSFPAKLATEAYYEQSPQDQWALRVAHYSPSLVYWWNTQKWFPASSVAAGRPNLTAPDLQVLAKLHAKLVDRDY...
XP_057803860.1
MFWKIIAVLLIAFLAWAYQALCPPPPRLCGSTGGPSVEGPRIRLRDGRHLAYMEHGVSKETANYKIILVHGFSSNKNEAHIARSALVEKLGIYLVSFDRPGYGESDPDPKRTMESTALDIEELGDQLELGPKFYVIGNSMGGQVVWGCLKYIPHRLAGAALIAPVINYWWPSFPAKLATEAYYEQSPQDQWALRVAHYSPSLVYWWNTQKWFPASSVAAGRPNLTAPDLQVLAKLHAKLVDRDYSTQQGVYESLHRDMRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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