Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001297`

染色体: Chr04 坐标: 20634865-20637592 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001297`
名称	SmilChr04G001297
描述	pathogenesis-related thaumatin-like protein 3.5
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	20634865 - 20637592 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019356`
GeneID	`131019356`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019356`
原始查询	`LOC131019356`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pathogenesis-related thaumatin-like protein 3.5
产物	pathogenesis-related thaumatin-like protein 3.5
Arabidopsis	`AT1G77700` (AT1G77700) Pathosis-related thaumatin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844106] identity=56.2; qcov=0.773; evalue=6.1e-74; confidence=high
Rice	`Os04g0689900` (OsPR5) - identity=56.9; qcov=0.665; evalue=8.95e-65; confidence=high
GO	GO:0005576 (extracellular region); GO:0006952 (defense response)
KEGG	-
Pfam	PF00314 (Thaumatin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057803869.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057803869.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803869.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803869.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803869.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:20635951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B46
`Chr4:20636029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B42
`Chr4:20636040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B90
`Chr4:20636044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B90
`Chr4:20636062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B90,D11
`Chr4:20636076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B24,B73
`Chr4:20636081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C36
`Chr4:20636101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr4:20636110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,C20
`Chr4:20636115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,B84,C14
`Chr4:20636125`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr4:20636213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803869.1

251 aa

126

251

Thaumatin

PF00314 Thaumatin 36-202 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803869.1`	Pfam	`PF00314`	Thaumatin	Domain	36	202	1.6e-55	188.7	Thaumatin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947886.1
AAATCATTACAAAATTTTCAAGTATATGTACTCATACAAAACTAATACTAGTATTCACTAATATCTGGAGATATATACATATATGGCATTGGTGATCAACCATCTTGGCACATTTTTGCTCATCGTTTTTCTTTTCGTAGCATCATCAGGGGTAAGAGTATCCAAGTGCACAAAATTTACCATCATCAACAACTGCAACGAGACCATATGGCCCGGAATCCACCCCAGCAACTTCAGCACAGGCGGCTTCGGCCTCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019356
ATGGCATTGGTGATCAACCATCTTGGCACATTTTTGCTCATCGTTTTTCTTTTCGTAGCATCATCAGGGGTAAGAGTATCCAAGTGCACAAAATTTACCATCATCAACAACTGCAACGAGACCATATGGCCCGGAATCCACCCCAGCAACTTCAGCACAGGCGGCTTCGGCCTCCGCCCAAATCAGTCGGCCGTGTTCAGCCCCCCGCCCGCATGGCACGGCCGCATATGGGCCCGCACTGCTTGCGACTTCACCCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803869.1
MALVINHLGTFLLIVFLFVASSGVRVSKCTKFTIINNCNETIWPGIHPSNFSTGGFGLRPNQSAVFSPPPAWHGRIWARTACDFTHNGTCQTGGCGPSLQCTGPGQPPASIAEFALGGDIDYYDVSLVDGFNLPLLIVPLGGKGNCSSAGCDVDLRPDCPPELAMRSGGKVVACRSACNAFDTDEYCCRAAFSTPMRVCRRTTREGSKWPALQLIASRMMIQQVLLRAPLQIICSLFDLQSKYILVLYVLV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器