Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001588`

染色体: Chr01 坐标: 29909422-29911316 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001588`
名称	SmilChr01G001588
描述	uncharacterized SmilChr01G001588
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	29909422 - 29911316 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019368`
GeneID	`131019368`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019368`
原始查询	`LOC131019368`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BPS1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838808]; symbol=AT1G22030; hit=AT1G22030; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	BPS1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838808]; symbol=AT1G22030; hit=AT1G22030; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G22030` (AT1G22030) BPS1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838808] identity=40.2; qcov=1.09; evalue=9.85e-75; confidence=medium
Rice	`Os08g0104800` - identity=35.9; qcov=0.963; evalue=8.72e-43; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019368

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803888.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803888.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803888.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803888.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:29910415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr1:29910672`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B121,B83
`Chr1:29910865`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:29910868`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	30	A1,B102,B106,B12,B120,B14,B3,B46,B49,B62,B66,B86,B94,B95,B97,C1,C10,C15,C29,C34,C35,C45,C52,C76,C80,C9,D1,D10,D11,D9
`Chr1:29910870`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	30	A1,B102,B106,B12,B120,B14,B3,B46,B49,B62,B66,B86,B94,B95,B97,C1,C10,C15,C29,C34,C35,C45,C52,C76,C80,C9,D1,D10,D11,D9
`Chr1:29911030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947905.1
AGTTTATGTATTTTTTGACCAAAAAAATAGATTTTATTAAAAACCAAAATTTGAGTATAGTTTAACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTTCTGAAATGCCATTTTCTTGAAAATGAAATATGTGGGAAATTAGCAGAAATATGGTAAGAGAATCTTTTCTCCCCAGCAGAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGATATCTGCATTCTGTTGGGATCCCATCCCATGTTGAAGTGTTTATGCTCATCTCCTGCAAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019368
ATGATGAGCCATCCCTCCAGCTCCGTGAGTGCATTCCTGAGGTTCGTAGCGCGCGAAGTCGATAATCTTGATCATCTGTTCCTCACCTCCCACAGCTTCATGTCAGTGAGCTTCCTCCAACACGTGCTCTCCACGCTCCGATCCTTCCACTCCCACCTTACCTCATTGCTCCACCAGCTGCGCCTCCCCGCCGGCGACAAATGGCTCGACGACTACATGGACGAGACCTCCTCCCTCTGGGAAGCCTGCCACCTCATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803888.1
MMSHPSSSVSAFLRFVAREVDNLDHLFLTSHSFMSVSFLQHVLSTLRSFHSHLTSLLHQLRLPAGDKWLDDYMDETSSLWEACHLIKSAVSAMETYYSSAATAASLLQPLNPHQVIRAMNGCERELRALQHENRSVAEMKIQTLSLKLKENTNTVRLKGFREVFYAMRHVSTLLLLILLSALVYCWPETTFYHEGASASSSASSVAASTAKLHERVATALAHVQAQPGILLYELQRSAFAMEELKMEVEAGLDVDDAKLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器