Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001323

染色体: Chr04 坐标: 21312591-21329516 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001323
名称SmilChr04G001323
描述sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向21312591 - 21329516 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019374
GeneID131019374
locus_tag-
NCBI NameLOC131019374
原始查询LOC131019374

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
产物sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
ArabidopsisAT5G24750 (AT5G24750)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832544]
identity=53.6; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0210800
-
identity=62.4; qcov=0.327; evalue=2.03e-68; confidence=low
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF06722 (EryCIII-like_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019374

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803892.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.80000 XP_057803896.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057803892.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803892.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803892.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:21315766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr4:21319335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B37,B44,C9,D2
Chr4:21320281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,C15,C80,C87
Chr4:21326454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B60
Chr4:21328108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr4:21328184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:21329278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B41,B73,C2,C68,D9
Chr4:21329289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B80,B83,C28,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803892.1
511 aa
N
1
256
511
EryCIII-like_C
C
PF06722 EryCIII-like_C 387-440 aa
XP_057803893.1
510 aa
N
1
255
510
EryCIII-like_C
C
PF06722 EryCIII-like_C 386-439 aa
XP_057803894.1
483 aa
N
1
242
483
EryCIII-like_C
C
PF06722 EryCIII-like_C 359-412 aa
XP_057803895.1
482 aa
N
1
241
482
EryCIII-like_C
C
PF06722 EryCIII-like_C 358-411 aa
XP_057803896.1
480 aa
N
1
240
480
EryCIII-like_C
C
PF06722 EryCIII-like_C 356-409 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803892.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 387 440 6.2e-14 52.9 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain
XP_057803893.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 386 439 6.2e-14 52.9 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain
XP_057803894.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 359 412 5.8e-14 53.0 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain
XP_057803895.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 358 411 5.8e-14 53.0 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain
XP_057803896.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 356 409 5.7e-14 53.0 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947909.1
TGAGGAAATAAATGAAATGTTTTTAAGTGGCAGCACAATAATAATGAGTAGGATTCACCCACAAACAGAAAAGGTCGGTGCTATGGACTGATGGGAAAGTATGATGAGGACGAACCCAATCGTCGTGTTTATGGCATTTGGTACAAAAGGCGACGTTTATCCCATTGCTGCTATTGCTGCAGCTTTCGCTTCCGATCAAAAGCAGTATCAGGTCGCATTCGTAACTCATTCCGCGCACCAGAACCTGAAAGTTCACTTGG...
XM_057947913.1
TGAGGAAATAAATGAAATGTTTTTAAGTGGCAGCACAATAATAATGAGTAGGATTCACCCACAAACAGAAAAGGTCGGTGCTATGGACTGATGGGAAAGTATGATGAGGACGAACCCAATCGTCGTGTTTATGGCATTTGGTACAAAAGGCGACGTTTATCCCATTGCTGCTATTGCTGCAGCTTTCGCTTCCGATCAAAAGCAGTATCAGGTCGCATTCGTAACTCATTCCGCGCACCAGAACCTGAAAGTTCACTTGG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131019374
ATGGGAAAGTATGATGAGGACGAACCCAATCGTCGTGTTTATGGCATTTGGTACAAAAGGCGACGTTTATCCCATTGCTGCTATTGCTGCAGCTTTCGCTTCCGATCAAAAGCAGTATCAGGTCGCATTCGTAACTCATTCCGCGCACCAGGTCCTGTCGATACGTCTTTTCTTCTACAAAAGAAAGAGATTACAAGAAAACACAAACAAGAATGTGTTTCAGTCGTTGAAAGGATATACGGAGAAGACCCAGTAATGGA...
LOC131019374
ATGGGAAAGTATGATGAGGACGAACCCAATCGTCGTGTTTATGGCATTTGGTACAAAAGGCGACGTTTATCCCATTGCTGCTATTGCTGCAGCTTTCGCTTCCGATCAAAAGCAGTATCAGGTCGCATTCGTAACTCATTCCGCGCACCAGGTCCTGTCGATACGTCTTTTCTTCTACAAAAGAAAGAGATTACAAGAAAACACAAACAAGAATGTGTTTCAGTCGTTGAAAGGATATACGGAGAAGACCCAGTAATGGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057803892.1
MMRTNPIVVFMAFGTKGDVYPIAAIAAAFASDQKQYQVAFVTHSAHQNLKVHLGAKRISYFPISSPPVLSFHQDHDPGGPVDTSFLLQKKEITRKHKQECVSVVERIYGEDPVMDGDLIVINFFALEGWSLAELFCVRCVVAAPYVVPYSAPTSFERQFRTELPLLYKYLREAPTGKIGWEDVMHWMWPLFTEDWGKWRSLDLKLSFLPFTVDPVTDLPTWHDRPSSPLLLYGFSQEVVECPGYWPSAVRVCGFWTLPAE...
XP_057803893.1
MMRTNPIVVFMAFGTKGDVYPIAAIAAAFASDQKQYQVAFVTHSAHQNLKVHLGAKRISYFPISSPPVLSFHQDHDPGGPVDTSFLLQKKEITRKHKQECVSVVERIYGEDPVMDGDLIVINFFALEGWSLAELFCVRCVVAAPYVVPYSAPTSFERQFRTELPLLYKYLREAPTGKIGWEDVMHWMWPLFTEDWGKWRSLDLKLSFLPFTDPVTDLPTWHDRPSSPLLLYGFSQEVVECPGYWPSAVRVCGFWTLPAEW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器