当前解析结果
SmilChr01G001607| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001607 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001607 |
| 描述 | ACT domain-containing protein ACR12 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 30217707 - 30221711 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019375 |
|---|---|
| GeneID | 131019375 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019375 |
| 原始查询 | LOC131019375 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ACT domain-containing protein ACR12 |
| 产物 | ACT domain-containing protein ACR12 |
| Arabidopsis | AT5G04740 (ACR12)ACT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830352] identity=73.4; qcov=0.806; evalue=6.7e-124; confidence=high |
| Rice | Os12g0152700- identity=65.7; qcov=0.927; evalue=7.35e-122; confidence=high |
| GO | GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0009570 (chloroplast stroma) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24931 (ACT_ACR9_3rd) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019375 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057803900.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057803900.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057803900.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803900.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803900.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:30217988 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,B33 |
Chr1:30218452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B119,B59,C31,C37,C75 |
Chr1:30218755 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B119,B59,C31,C37,C75 |
Chr1:30221402 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:30221440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr1:30221449 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803900.1PF24931
ACT_ACR9_3rd 86-159 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803900.1 |
Pfam | PF24931 |
ACT_ACR9_3rd | Domain | 86 | 159 | 2.8e-13 | 50.4 | ACR9-like, ACT-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。