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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001324

染色体: Chr04 坐标: 21333374-21334620 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001324
名称SmilChr04G001324
描述basic blue protein-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向21333374 - 21334620 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019376
GeneID131019376
locus_tag-
NCBI NameLOC131019376
原始查询LOC131019376

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述basic blue protein-like
产物basic blue protein-like
ArabidopsisAT2G02850 (ARPN)
plantacyanin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814816]
identity=56.2; qcov=1.04; evalue=1.07e-47; confidence=medium
RiceOs03g0709300 (OsUCL9)
-
identity=54.3; qcov=1.05; evalue=5.88e-47; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019376

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057803897.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057803897.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803897.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803897.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803897.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:21333575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B36,C33,C42,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803897.1
123 aa
N
1
62
123
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 38-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803897.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 38 116 3.2e-27 95.1 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947914.1
GCAGTTTGATTAATGCCACCACACAATTAGTTCACACATCATATATAGCTAGTGAGTAAGAGAGAGAAGAAGATGGCTAAGGGAAGAGGCAGTGCGATAGTTGTTGCTATGGTGATAATGGGTATGCTTATGCTGCCTCATGTGGCGGAAGCCGCCACGTATGTGGTGGGCGGCGCCGGCGGCTGGACCTTCAACGTCGATGCTTGGCCCAAAGGCAAGCGCTTTAAGGCCGGTGATACCCTTGTATTCAACTACAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019376
ATGGCTAAGGGAAGAGGCAGTGCGATAGTTGTTGCTATGGTGATAATGGGTATGCTTATGCTGCCTCATGTGGCGGAAGCCGCCACGTATGTGGTGGGCGGCGCCGGCGGCTGGACCTTCAACGTCGATGCTTGGCCCAAAGGCAAGCGCTTTAAGGCCGGTGATACCCTTGTATTCAACTACAATTCAGGGATCCACAATATGGTGGCGGTGGACAAGAAGAGTTACGATAGTTGCAGCGCCCCTTCGAGCGCCAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803897.1
MAKGRGSAIVVAMVIMGMLMLPHVAEAATYVVGGAGGWTFNVDAWPKGKRFKAGDTLVFNYNSGIHNMVAVDKKSYDSCSAPSSAKVYQSGKDQIKLKKGQSFFICSIAGHCQSGMKVAVTAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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