Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001606`

染色体: Chr01 坐标: 30216246-30217408 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001606`
名称	SmilChr01G001606
描述	germin-like protein subfamily 3 member 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	30216246 - 30217408 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019416`
GeneID	`131019416`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019416`
原始查询	`LOC131019416`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	germin-like protein subfamily 3 member 2
产物	germin-like protein subfamily 3 member 2
Arabidopsis	`AT3G10080` (AT3G10080) RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820169] identity=59.4; qcov=0.953; evalue=2.96e-89; confidence=high
Rice	`Os02g0532500` (OsGLP2-1) - identity=54.3; qcov=0.939; evalue=8.01e-73; confidence=high
GO	GO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019416

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057803946.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057803946.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803946.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803946.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803946.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:30216389`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C60
`Chr1:30216389`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C60
`Chr1:30216624`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B62
`Chr1:30216624`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B62
`Chr1:30216675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr1:30216821`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,C39
`Chr1:30216831`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B98,C48,C49,C64,C66
`Chr1:30216921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B112,C43,C87
`Chr1:30216990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr1:30217012`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	56	A24,A5,A7,B105,B106,B11,B110,B117,B12,B120,B124,B126,B130,B14,B16,B17,B18,B21,B25,B33,B47,B48,B57,B67,B69,B72,B75,B91,B95,C12,C13,C14,C17,C2,C22,C28,C29,C34,C4,C41,C50,C53,C57,C6,C61,C64,C65,C66,C7,C70,C74,C76,D1,D2,D4,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803946.1

212 aa

106

212

Cupin_1

Cupin_2

PF00190 Cupin_1 65-200 aa PF07883 Cupin_2 93-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803946.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	65	200	9.6e-42	142.8	Cupin
`XP_057803946.1`	Pfam	`PF07883`	Cupin_2	Domain	93	162	5.4e-09	36.3	Cupin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947963.1
GAGAATTTACACTAATATTTTGCTTAAAGAGCACAAAAATGGACAATTAACAACTTAAAAGCTGAGTAATCTGGCACTCATCCAGCCCAAAAATGAGCATCAGCAATAGCAGAAGTGGTAGTTGTTGCCACCTTGTGTATCTTTGTCTTGAAGCAAACTACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGCAGCGGAATCCTCCCTTTTCTGTTTGGAGTGTATATCTTCAGAAAAAAGACAACCTTTTCTAAGTTAAAAGTCAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019416
ATGTTGTTAAAAATAACAGCATTGCTTGTTCTTCTCCTACACAGATGCCTAGTCTCAGCTTCTGATTCAGATCCAGTGCAAGATTTCTGCATCCCCAGACCAGAACTCTCGCCCCTCTTGGTCTCCTGCAAGAACTCATCCCTTGTCACGGTGGATGACTTTGTGTTCTCCGGCATAAAAGCCTCAGGAGACGCGAGCAAGACAGGATTCTCATCCATCCCAGTTAGTGCAAGTGCCTTCCCTGGCCTCAACACATTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803946.1
MLLKITALLVLLLHRCLVSASDSDPVQDFCIPRPELSPLLVSCKNSSLVTVDDFVFSGIKASGDASKTGFSSIPVSASAFPGLNTLGMSLVRADFEPGGINVPHYHPRATEVAFVVEGRIYSGFVDSQNRVFAKVLDKGEVMVFPRGLLHFQMNVGEARATIIGSFNSQNPGLVRIPSAVFGSPIKDELLEKVFGLNDKELAKVRKKLLPKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器