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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001397`

染色体: Chr04 坐标: 22767711-22768931 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001397`
名称	SmilChr04G001397
描述	probable CCR4-associated factor 1 homolog 11
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	22767711 - 22768931 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019436`
GeneID	`131019436`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019436`
原始查询	`LOC131019436`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable CCR4-associated factor 1 homolog 11
产物	probable CCR4-associated factor 1 homolog 11
Arabidopsis	`AT5G22250` (CAF1b) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832285] identity=52.1; qcov=0.981; evalue=4.42e-86; confidence=high
Rice	`Os04g0684900` (OsCAF1B) - identity=46.6; qcov=0.97; evalue=4.03e-72; confidence=high
GO	GO:0000932 (P-body); GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004535 (poly(A)-specific ribonuclease activity); GO:0030014 (CCR4-NOT complex); GO:0030015 (CCR4-NOT core complex); GO:0043928 (GO:0043928)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04857 (CAF1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803965.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057803965.1`
3	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057803965.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057803965.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057803965.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:22768094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,C48,D7
`Chr4:22768103`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B8
`Chr4:22768103`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B8
`Chr4:22768180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C48
`Chr4:22768361`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B88,B95,C66
`Chr4:22768373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C31,C61
`Chr4:22768392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B87,C31,C61,C65
`Chr4:22768407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	A16,B101,B108,B13,B22,B87,B94,C23,C31,C61
`Chr4:22768447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr4:22768448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr4:22768481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A4,B105,B114,C54,C65
`Chr4:22768481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B105,B114,C54,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803965.1

270 aa

135

270

CAF1

PF04857 CAF1 10-132 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803965.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	10	132	1.9e-12	47.8	CAF1 family ribonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947982.1
ATGGTAATTAACTTAGAAACTCTGTGTATCAAAACTATTTAAATAGGTCTGCATCACGCAATATCGCAAAAATCCTTTATAATTCCTCCGCAACCAATTCCCGATCAACTGCGATCAAAAACCCCAAATCTCAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAGACGATCAATCAATGGCGGCGGAAATCGAGATCCGCGAAGTCTGGGCGAGCAACGTGGTTGCGGAAATCAGCCTAATCCATAAATTCCTGCAACAATTCCCCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019436
ATGGCGGCGGAAATCGAGATCCGCGAAGTCTGGGCGAGCAACGTGGTTGCGGAAATCAGCCTAATCCATAAATTCCTGCAACAATTCCCCATCATATCCATGGACACCGAGTTCCCGGGCACCGTGTTCAAGCCGAGCCCCCTCTTCAAGAAGCTCCCCGCCGGCGACGCCGCCTACGCCGCGATGAAGCGCAACGTCGACGCTCTCCACCTCATCCAGCTCGGCCTCACCCTCCACGACGCCGCCGGCAATCTCCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803965.1
MAAEIEIREVWASNVVAEISLIHKFLQQFPIISMDTEFPGTVFKPSPLFKKLPAGDAAYAAMKRNVDALHLIQLGLTLHDAAGNLPELGGRRCAWEFNFADFDSNTDPHNPESLSLLARQGVDFARNRLEGVDSRSFALLFKISGLGLRRRRLTWVTFHGAYDLGFMVKILTGRRLPGTLDDFLALLRVHLGPSMYDVKPVARALELHGGLERIARSLKVERAAGRSHQAGSDSLLTMQVFVELIKRFGEENILEEFNYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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