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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001419`

染色体: Chr04 坐标: 23040339-23047792 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001419`
名称	SmilChr04G001419
描述	putative pumilio homolog 7, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	23040339 - 23047792 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019455`
GeneID	`131019455`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019455`
原始查询	`LOC131019455`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative pumilio homolog 7, chloroplastic
产物	putative pumilio homolog 7%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G78160` (PUM7) pumilio 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844152] identity=61.2; qcov=0.459; evalue=9.32e-145; confidence=medium
Rice	`Os12g0493900` - identity=58.8; qcov=0.438; evalue=4.19e-130; confidence=low
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010608 (post-transcriptional regulation of gene expression)
KEGG	-
Pfam	PF00806 (PUF); PF22493 (PUF_NOP9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803987.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803987.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057803987.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057803987.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057803987.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:23040737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr4:23042416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B58,B66
`Chr4:23045472`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr4:23045741`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr4:23045989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B104,B119,D11
`Chr4:23046015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr4:23046218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B119,C11,C69,D11
`Chr4:23046403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B79
`Chr4:23046475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B104,B119,D11
`Chr4:23046676`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C3
`Chr4:23046676`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803987.1

737 aa

368

737

PUF_NOP9

PUF

PF22493 PUF_NOP9 416-678 aa PF00806 PUF 423-456 aa PF00806 PUF 458-489 aa PF00806 PUF 499-527 aa PF00806 PUF 536-564 aa PF00806 PUF 570-603 aa PF00806 PUF 609-625 aa PF00806 PUF 642-676 aa PF00806 PUF 683-702 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF22493`	PUF_NOP9	Repeat	416	678	8.7e-19	68.5	NOP9-like PUF repeat domain
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	423	456	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	458	489	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	499	527	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	536	564	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	570	603	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	609	625	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	642	676	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057803987.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	683	702	3.1e-68	225.4	Pumilio-family RNA binding repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948004.1
AGAGAGAGAGAAAGAGAGTGAGTGAGAGGGCAGAGCGAGAGAGAGAGCGTCGCTTTTCTCCAGCTTTAATGGCGTGATACAGTGTGTGTGTATGTGTGTGATATATTATACAGTATAACGTATGTGAATCATTTAAGCAATCCATTCATATTTGCATGCTTCACCAACTCTTTTCCCGAAATTAATCCCCAAACCAAAATGAGCTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAAATAAGGAGAAAGGAAAATCTTATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019455
ATGTTTGAGGGAGTGAAGAATCAGAAGAAGGGCGCAGAAAACATGAAGGATGATGATGATGACGAGTTGGAAATGTTGCTTGGTAAGATCTCTCATGCAACGTCGTCGTTTAATCTTCATTCTGCCCACAGCGATGCACATCGTCAGCATCATGTCGATCATGGTTGTGATTACGGTTTTCGTTATGGCCATGGTCACGCGTCACGTGTGGTTCACAAAATGAATGGCCACGGCTATGGTGATGAGCTCTTCGAGCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803987.1
MFEGVKNQKKGAENMKDDDDDELEMLLGKISHATSSFNLHSAHSDAHRQHHVDHGCDYGFRYGHGHASRVVHKMNGHGYGDELFEHKYARESSPVSGFSIKSDGSSSSLFHGGVRSLYEIGSHLEELKPQLIPGNGFWPDFKVADENKLFGDFNLSRNFSKMYVSEEECANGSVGMNFERYEASDDGRKGFLGCGGFSLSGARGNSRIQGENGAALVEMQHERRSGDPRYPPGLFDGMFSRSDFGGNVFGDGSYPLGFVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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