当前解析结果
SmilChr04G001430| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001430 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001430 |
| 描述 | outer envelope protein 64, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 23318214 - 23327528 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019466 |
|---|---|
| GeneID | 131019466 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019466 |
| 原始查询 | LOC131019466 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | outer envelope protein 64, mitochondrial |
| 产物 | outer envelope protein 64%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT5G09420 (TOC64-V)translocon at the outer membrane of chloroplasts 64-V [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830801] identity=65.7; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0754500- identity=55.7; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00515 (TPR_1); PF01425 (Amidase); PF07719 (TPR_2); PF13414 (TPR_11) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019466 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057803998.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.40000 | XP_057803998.1 |
| 3 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.40000 | XP_057803998.1 |
| 4 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.20000 | XP_057803998.1 |
| 5 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057803998.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:23318427 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr4:23319894 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr4:23321400 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:23321419 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B114,B41,C11,C69 |
Chr4:23322886 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B81,C6 |
Chr4:23324480 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
Chr4:23324481 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr4:23324482 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 45 | A14,A20,A24,A25,A5,B1,B113,B125,B130,B137,B14,B140,B19,B2,B25,B26,B29,B33,B39,B41,B56,B62,B72,B74,B97,C17,C19,C20,C30,C36,C38,C39,C4,C49,C51,C54,C61,C62,C67,C69,C86,C87,C9,D3,D5 |
Chr4:23324485 |
C |
CCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 46 | A14,A20,A24,A25,A5,B1,B113,B125,B130,B137,B14,B140,B19,B2,B20,B25,B26,B29,B33,B39,B41,B56,B62,B72,B74,B97,C17,C19,C20,C30,C36,C38,C39,C4,C49,C51,C54,C61,C62,C67,C69,C86,C87,C9,D3,D5 |
Chr4:23324721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr4:23324886 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,C11,C69 |
Chr4:23326757 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803998.1PF01425
Amidase 67-452 aa
PF13414
TPR_11 492-533 aa
PF07719
TPR_2 519-551 aa
PF00515
TPR_1 520-552 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803998.1 |
Pfam | PF01425 |
Amidase | Domain | 67 | 452 | 6e-51 | 174.6 | Amidase |
XP_057803998.1 |
Pfam | PF13414 |
TPR_11 | Repeat | 492 | 533 | 1.3e-10 | 41.5 | TPR repeat |
XP_057803998.1 |
Pfam | PF07719 |
TPR_2 | Repeat | 519 | 551 | 2e-14 | 53.1 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057803998.1 |
Pfam | PF00515 |
TPR_1 | Repeat | 520 | 552 | 8.6e-17 | 60.9 | Tetratricopeptide repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。