Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001433`

染色体: Chr04 坐标: 23369468-23374294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001433`
名称	SmilChr04G001433
描述	uncharacterized SmilChr04G001433
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	23369468 - 23374294 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019468`
GeneID	`131019468`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019468`
原始查询	`LOC131019468`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	1,8-cineole synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836544]; symbol=AT5G64230; hit=AT5G64230; species=arabidopsis; confidence=high
产物	1,8-cineole synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836544]; symbol=AT5G64230; hit=AT5G64230; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G64230` (AT5G64230) 1,8-cineole synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836544] identity=45.5; qcov=1.04; evalue=1.01e-89; confidence=high
Rice	`Os02g0754600` - identity=41.9; qcov=0.907; evalue=7.05e-67; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019468

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057804000.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057804000.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057804000.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057804000.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804000.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:23369629`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C63
`Chr4:23369667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,C43
`Chr4:23369776`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B54,B65
`Chr4:23369811`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr4:23369830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:23369868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr4:23369938`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr4:23369980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C16,C62,D3
`Chr4:23369987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr4:23370083`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948017.1
TTTTTATAGGACGAGAAAGTACGGAGTATTTGGGAAGTCAAAATGATCGTTTTTCACACACCAAATAGCGAATACCGATCGTTGAGAACCACAAATTGAATTGAAGCTCGTAGAAAACATAATCAACAGAAGAAGAAGACTCAGAAAAAGGGGTAACAGATGGAAACTTCATCTTCCACCATAGCTTCTCTGCTCCTCCGAATTTTCCTTTGCGCAGACAAATCCCTTTCCTTTCTCCACAATTACAAAATTCTTCACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019468
ATGGAAACTTCATCTTCCACCATAGCTTCTCTGCTCCTCCGAATTTTCCTTTGCGCAGACAAATCCCTTTCCTTTCTCCACAATTACAAAATTCTTCACCTCCTGCGTCAATTTATTCTCTCATCTTTCCTCTTCTTCCTCAGCCTTCTGCCTGCTCTCTTCTCCTCCTCGCAATCCCCCAAATCGGATGATAACCCCGCCACCGCCGGAGTTGGCAGCTCCGGCGTTTCTAGGGCTCTATCGCAGCTGCTGCTGCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804000.1
METSSSTIASLLLRIFLCADKSLSFLHNYKILHLLRQFILSSFLFFLSLLPALFSSSQSPKSDDNPATAGVGSSGVSRALSQLLLLMNDIPVSSRKYEAVRSLAEKLIDGNLIERKSALTEVNCAVLSAAFARSLSQLEAAMAEQGWKSGGDDAAREGDLFVYYGKASRLVKGVKYYGRAAWRWAKVKGEVRRPWSSAEKLAAELLWLAQKMAASGCAEEAVSKWASAVKMAWLALSTEPRLQGSLVKLSAFLIREAKEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器