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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001434`

染色体: Chr04 坐标: 23386135-23396565 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001434`
名称	SmilChr04G001434
描述	metacaspase-3-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	23386135 - 23396565 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019469`
GeneID	`131019469`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019469`
原始查询	`LOC131019469`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	metacaspase-3-like
产物	metacaspase-3-like
Arabidopsis	`AT5G64240` (MC3) metacaspase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836545] identity=53.6; qcov=0.813; evalue=3.38e-101; confidence=high
Rice	`Os10g0565100` - identity=43.4; qcov=1.06; evalue=4.74e-94; confidence=medium
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00656 (Peptidase_C14); PF31181 (Pept_C14_Metacaspase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057804001.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057804001.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057804001.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804001.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804001.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:23387164`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	A19,A20,A22,B1,B110,B120,B132,B44,B95,C19,C28,C36,C50,C54,D5
`Chr4:23387176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B54,B65,B84
`Chr4:23387210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:23387225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B16,B54,B65,B84
`Chr4:23387225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B54,B65,B84
`Chr4:23387296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	B102,B111,B12,B4,B55,B60,B77,B98,C20,C38,C5,C72,D8
`Chr4:23391780`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A14,A2,A8,B109,B34,B8,B86,C11,C12,C47,C6,C69,C83
`Chr4:23391809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B54,B65,B84
`Chr4:23391825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr4:23391840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B54,B65,B84
`Chr4:23391869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr4:23393428`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,C38,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804001.1

383 aa

192

383

Peptidase_C14

Pept_C14_Metacaspase

PF00656 Peptidase_C14 70-308 aa PF31181 Pept_C14_Metacaspase 71-220 aa

XP_057804002.1

342 aa

171

342

Peptidase_C14

Pept_C14_Metacaspase

PF00656 Peptidase_C14 70-331 aa PF31181 Pept_C14_Metacaspase 71-220 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804001.1`	Pfam	`PF00656`	Peptidase_C14	Domain	70	308	5.4e-29	102.2	Caspase domain
`XP_057804001.1`	Pfam	`PF31181`	Pept_C14_Metacaspase	Domain	71	220	1.9e-55	188.3	Metacaspase, peptidase C14 domain
`XP_057804002.1`	Pfam	`PF00656`	Peptidase_C14	Domain	70	331	7.8e-31	108.3	Caspase domain
`XP_057804002.1`	Pfam	`PF31181`	Pept_C14_Metacaspase	Domain	71	220	1.9e-55	188.3	Metacaspase, peptidase C14 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948018.1
AAATACCAAACAAGATAAAACAATAAGAATGATGTTTGATACTGAGATATATTCTCCACCACTATCTCCATCTTCTTGTGACATAAATTGGGTTGACATATATGCCAAGCTAGCCATGAAAAACTAAGAGAAAGGATGGCGAGTAAGAGAGTGTGTTGCAGGTGGTGCAGGATGGTGTCTGTGGTGCCACTCGAGGCGCAGGGCCTGTACTGCCCTAGCTGCCGCGGCTTCACCATGGTAGCAAGAAACTACAATACCAG...

XM_057948019.1
ACGTATTCTGATTTAAATACCAAACAAGATAAAACAATAAGAATGATGTTTGATACTGAGATATATTCTCCACCACTATCTCCATCTTCTTGTGACATAAATTGGGTTGACATATATGCCAAGCTAGCCATGAAAAACTAAGAGAAAGGATGGCGAGTAAGAGAGTGTGTTGCAGGTGGTGCAGGATGGTGTCTGTGGTGCCACTCGAGGCGCAGGGCCTGTACTGCCCTAGCTGCCGCGGCTTCACCATGGTAGCAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131019469
ATGGCGAGTAAGAGAGTGTGTTGCAGGTGGTGCAGGATGGTGTCTGTGGTGCCACTCGAGGCGCAGGGCCTGTACTGCCCTAGCTGCCGCGGCTTCACCATGGTAGCAAGAAACTACAATACCAGCAACCAAGGCCAAGGCTATGCTTATGCAGAAAATGGTAGGGTTTATCAACGCATGCCGCCGCCACCATCTCATGGCTACGGGCGCAAGCGAGCCGTTCTATGTGGCATCACCTACAAGGGCCACAGACAGAGCCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057804001.1
MASKRVCCRWCRMVSVVPLEAQGLYCPSCRGFTMVARNYNTSNQGQGYAYAENGRVYQRMPPPPSHGYGRKRAVLCGITYKGHRQSLRGSVNDVLSMKNLLIRSFQFPLSCILVLTEEEEDYRRAPTKRNIRNALRWLVEGSQAGDSLVFHYSGHGSQVRDRDGDEVDGYDEALLPVDYETEGRILDDELNATIVRPLPAGATLHAIIDTCFSGTFLDLPNVCRIDRQAYYNWEDQRIQNGGAYRGTSGGFAVSISACDD...

XP_057804002.1
MASKRVCCRWCRMVSVVPLEAQGLYCPSCRGFTMVARNYNTSNQGQGYAYAENGRVYQRMPPPPSHGYGRKRAVLCGITYKGHRQSLRGSVNDVLSMKNLLIRSFQFPLSCILVLTEEEEDYRRAPTKRNIRNALRWLVEGSQAGDSLVFHYSGHGSQVRDRDGDEVDGYDEALLPVDYETEGRILDDELNATIVRPLPAGATLHAIIDTCFSGTFLDLPNVCRIDRQAYYNWEDQRIQNGGAYRGTSGGFAVSISACDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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