Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001446`

染色体: Chr04 坐标: 23760582-23768117 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001446`
名称	SmilChr04G001446
描述	protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	23760582 - 23768117 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019481`
GeneID	`131019481`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019481`
原始查询	`LOC131019481`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173, chloroplastic-like
产物	protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G16720` (HCF173) high chlorophyll fluorescence phenotype 173 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838243] identity=83.8; qcov=0.796; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0704700` - identity=77; qcov=0.823; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01370 (Epimerase); PF05368 (NmrA); PF08547 (CIA30); PF13460 (NAD_binding_10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019481

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057804008.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057804008.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.20000	`XP_057804008.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804008.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804008.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:23761424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr4:23762433`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B35
`Chr4:23762598`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,C58,C78
`Chr4:23763011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B90,C87
`Chr4:23763065`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C75
`Chr4:23763065`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C75
`Chr4:23763188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr4:23763565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C21
`Chr4:23767475`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A24
`Chr4:23767475`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A24
`Chr4:23767484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:23767719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804008.1

628 aa

314

628

NmrA

Epimerase

NAD_binding_10

CIA30

NAD_binding_10

PF05368 NmrA 192-266 aa PF01370 Epimerase 195-296 aa PF13460 NAD_binding_10 199-289 aa PF08547 CIA30 342-441 aa PF13460 NAD_binding_10 498-580 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804008.1`	Pfam	`PF05368`	NmrA	Family	192	266	7e-10	39.7	NmrA-like family
`XP_057804008.1`	Pfam	`PF01370`	Epimerase	Family	195	296	2.3e-06	27.9	NAD dependent epimerase/dehydratase family
`XP_057804008.1`	Pfam	`PF13460`	NAD_binding_10	Domain	199	289	3.1e-26	93.1	NAD(P)H-binding
`XP_057804008.1`	Pfam	`PF08547`	CIA30	Family	342	441	3.7e-07	31.0	Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30)
`XP_057804008.1`	Pfam	`PF13460`	NAD_binding_10	Domain	498	580	3.1e-26	93.1	NAD(P)H-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948025.1
ACGTGTCTATAAGTCAATCTTGAATTTGGGCTGGCCCATGTTATGTGGTCTGAATTTCTGGGTTGTCCCTTTCGGAATCCGAGTCATCGGAAAACCAGTTGCCACAACTTGAACTACAATCCCAATTCCCACCCAACCAAAATCCACTGCAAAAACAAGACAAAGATTACGAGGGAAATGCGAGTGATGAGCACTGCCTCCGCCGCTCTCACATCAACAATTTTCGGCAACCAGACTCCTCGCAATCGGAGATGGACGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019481
ATGTGGTCTGAATTTCTGGGTTGTCCCTTTCGGAATCCGAGTCATCGGAAAACCAGTTGCCACAACTTGAACTACAATCCCAATTCCCACCCAACCAAAATCCACTGCAAAAACAAGACAAAGATTACGAGGGAAATGCGAGTGATGAGCACTGCCTCCGCCGCTCTCACATCAACAATTTTCGGCAACCAGACTCCTCGCAATCGGAGATGGACGGAAATCTCCCACCCCCCGCCGATGAAGGCCTTCGCCGTGAGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804008.1
MWSEFLGCPFRNPSHRKTSCHNLNYNPNSHPTKIHCKNKTKITREMRVMSTASAALTSTIFGNQTPRNRRWTEISHPPPMKAFAVRAAASPTGKERKRKNKRKIEETPPPPPPPPEDEEEAASATAVIKSRLDEVNPVGLGRRSRQIFDEVWRKFSGLGQISRTTRKDDEEAALLIREGGPMCEFAVPGAQNTTVLVVGATSRVGRLVIRKLMLRGYTVKALVRKADEEVVDMLPTSVEIVTGDVGEPSTLQAAVEGCNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器