Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001477`

染色体: Chr04 坐标: 24209601-24213426 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001477`
名称	SmilChr04G001477
描述	dicarboxylate transporter 2.1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	24209601 - 24213426 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019507`
GeneID	`131019507`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019507`
原始查询	`LOC131019507`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dicarboxylate transporter 2.1, chloroplastic-like
产物	dicarboxylate transporter 2.1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G64290` (DIT2.1) dicarboxylate transport 2.1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836550] identity=76.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0515400` - identity=51.3; qcov=0.845; evalue=3.72e-163; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00939 (Na_sulph_symp); PF03600 (CitMHS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057804040.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057804040.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804040.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804040.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804040.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:24210061`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C38,C87
`Chr4:24210151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B67,B79,D10,D11,D4
`Chr4:24210229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C48
`Chr4:24210504`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B35
`Chr4:24210504`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B35
`Chr4:24210580`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B78
`Chr4:24213024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804040.1

561 aa

280

561

Na_sulph_symp

CitMHS

PF00939 Na_sulph_symp 93-560 aa PF03600 CitMHS 135-501 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804040.1`	Pfam	`PF00939`	Na_sulph_symp	Family	93	560	2.9e-134	449.3	Sodium:sulfate symporter transmembrane region
`XP_057804040.1`	Pfam	`PF03600`	CitMHS	Family	135	501	3.3e-14	53.5	Citrate transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948057.1
GATGGTTACAAAAAGAGAAATACAACGATAAAATAGAGGAAAAGATTTAGCATATTTCCAAGTTGTTAGATGTCCACCTCAAACTACAACAGACATATATAACAGTTAAAAAAGCAGCTTCAACACTTCCCCTGCTGTGGCCTTCGTAGATTCCGCCCTTCTCCTTCTCCAAAATCGCCACACACACACACTAGCTCTGCAACTCATTCATCTCAATTCCCTCTCTCTCTCCCTCCATGGAGAGCATCGCCCTTTACTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019507
ATGGAGAGCATCGCCCTTTACTCGTCCTCCTCCACCACCACCGCCACTTCCTTCTCCCGTTTCTGTCTCCCCCGTCCCCGCCCCGCCGCCCATCTCCGCCCCCTCAAATCCACCTCCGCCACTCCCAAATTCATCCATACCCCAACCAATTGCCCCCTCTTCCGCCCAATTCACAAATCCACGCACCCAAGGCTCCCCATTATATTCGCCTCCTCGTCCGCCGCCGCCGCCGCCCCAATCGAATCTAAGCCATCATCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804040.1
MESIALYSSSSTTTATSFSRFCLPRPRPAAHLRPLKSTSATPKFIHTPTNCPLFRPIHKSTHPRLPIIFASSSAAAAAPIESKPSSPPLQGAKLIPLIISVAIGVVVRFFVPKPPEVTPQAWQLLSIFLSTIAGLVLSPLPVGAWAFIGLTTSILTKTLSFTSAFSAFTNEVIWLIVISFFFARGFVKTGLGDRIATYFVKWLGKSTLGLSYGLTLSEALIAPAMPSTTARAGGVFLPIIKSLSLSAGSKPGDPSKKKLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器