Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001481`

染色体: Chr04 坐标: 24244921-24250181 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001481`
名称	SmilChr04G001481
描述	guanine nucleotide-binding protein-like NSN1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	24244921 - 24250181 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019509`
GeneID	`131019509`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019509`
原始查询	`LOC131019509`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	guanine nucleotide-binding protein-like NSN1
产物	guanine nucleotide-binding protein-like NSN1
Arabidopsis	`AT3G07050` (NSN1) GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819890] identity=61.2; qcov=0.603; evalue=3.32e-26; confidence=medium
Rice	`Os01g0375000` (Os_F0781) - identity=39.8; qcov=0.801; evalue=3.87e-19; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019509

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057804041.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057804041.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804041.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804041.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804041.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:24247989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B84
`Chr4:24248008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr4:24248022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B57,B88,C27,C55,C86
`Chr4:24248040`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	83	A10,A14,A15,A21,A4,A7,B102,B103,B105,B107,B109,B11,B110,B112,B113,B117,B119,B120,B121,B122,B137,B139,B140,B18,B2,B20,B21,B22,B24,B26,B32,B4,B40,B41,B45,B47,B48,B50,B52,B54,B58,B6,B64,B68,B7,B73,B81,B84,B85,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B95,B98,C10,C14,C15,C21,C24,C29,C35,C36,C37,C48,C49,C56,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C70,C77,C80,C87,D5,D9
`Chr4:24248059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B53
`Chr4:24248101`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A22,A5
`Chr4:24248101`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A22,A5
`Chr4:24248140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B53
`Chr4:24248184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B131,B22,B28,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

19 records

下载 cDNA FASTA

XR_009100296.1
TTTGAGAGCCCACAACAATTCTCTATCCTACGTGGCGCTCTCAAAAGTGTCTATTTCGATTTATCTAAATTCTACCTTTTACGCCTTCGAAAAAACTCAGCTTCTCACAGTAATCAATCTGCAAATACCTTGATTTGGTATTTTCTCCCCATCGCTTGATCTATGGCGCAAATTTCTCTCTCCATATCAATGCAAATGCCCTAATTTGGTATCTAACGCTCTACGATAGGAGCCTCCGAGGCATGCCAGCTCTTCTCTGA...

XR_009100294.1
TTTGAGAGCCCACAACAATTCTCTATCCTACGTGGCGCTCTCAAAAGTGTCTATTTCGATTTATCTAAATTCTACCTTTTACGCCTTCGAAAAAACTCAGCTTCTCACAGTAATCAATCTGCAAATACCTTGATTTGGTATTTTCTCCCCATCGCTTGATCTATGGCGCAAATTTCTCTCTCCATATCAATGCAAATGCCCTAATTTGGTATCTAACGCTCTACGATAGGAGCCTCCGAGGCATGCCAGCTCTTCTCTGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131019509
ATGCCTCCCAAGAGGAATGCAGATGAGCCTTCTGAGGCAAGGATCGTCACTGAACTTGCGAAGGAATTCAACATAGATGAAGTTTATAGCAGCGAATCAAGTATTATAGGCAGTTTGAAATCAGTGAATGACTTCAATCCAGTTGAAGTTCCTTCAAATTCCCCTTTGAATTTTGATATGGTGATGCTTGAGGACAAAGAACCACCTCATGGCAATGATGACGATCAGCCCATGGCATCTGGAGAAGAAGATGGAAAAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057804041.1
MPPKRNADEPSEARIVTELAKEFNIDEVYSSESSIIGSLKSVNDFNPVEVPSNSPLNFDMVMLEDKEPPHGNDDDQPMASGEEDGKVNAKEKSGSGVGPEVGENTYSAVAIGINIWVANDYVPMVEPILHLFIRMFFILRCITYYLLFC

XP_057804042.1
MPPKRNADEPSEARIVTELAKEFNIDEVYSSESSIIGSLKSVNDFNPVEVPSNSPLNFDMVMLEDKEPPHGNDDDQPMASGEEDGKVNAKEKSGSGVGPEVGENTYSAVAIGINIWVANDYVPMIRYAIAQRPVFSFSLKG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器